Søren Brunak
Professor
Brunak Group
Blegdamsvej 3B
2200 København N
- 2024
- E-pub ahead of print
Determinants of plasma levels of proglucagon and the metabolic impact of glucagon receptor signalling: a UK Biobank study
Winther-Sørensen, Marie, Garcia, S. L., Bartholdy, Andreas, Ottenheijm, Maud Eline, Banasik, Karina, Brunak, Søren, Sørensen, Charlotte Mehlin, Gluud, Lise Lotte, Knop, Filip Krag, Holst, Jens Juul, Rosenkilde, Mette, Jensen, Majken Karoline & Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, 6 maj 2024, (E-pub ahead of print) I: Diabetologia.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A genome-wide association study of social trust in 33,882 Danish blood donors
Sequeros, C. B., Hansen, T. F., Westergaard, D., Louloudis, I., Kalamajski, S., Röder, T., Rohde, P. D., Schwinn, M., Clemmensen, L. H., Didriksen, M., Nyegaard, M., Hjalgrim, H., Nielsen, K. R., Bruun, M. T., Ostrowski, S. R., Erikstrup, C., Mikkelsen, S., Sørensen, E., Pedersen, O. B. V., Brunak, S. & 3 flere, , 2024, I: Scientific Reports. 14, 12 s., 1402.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Clonal hematopoiesis and COVID-19 hospitalization in Danish adults
Burgos Sequeros, C., Tulstrup, M., Bliddal, S., Sørensen, K. M., Nissen, I., Rezahosseini, O., Brooks, P. T., Feenstra, B., Gang, A. O., Geller, F., Hald, A., Harboe, Z. B., Helleberg, M., Jespersen, J. S., Lebech, A. M., Lindegaard, B., Mogensen, T. H., Møller, M. E. E., Nielsen, C. H., Niemann, C. U. & 13 flere, , 2024, I: HemaSphere. 8, 3, 5 s., e58.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Finding Ophthalmic Risk and Evaluating the Value of Eye exams and their predictive Reliability (FOREVER)—A cohort study in a Danish high street optician setting: Design and methodology
Freiberg, J., Rovelt, J., Gazzard, G., Cour, M. L., Kolko, M., Torp‐Pedersen, C., Benn, M., Brunak, S., Cour, M. L., Tolstrup, J., Toft‐Petersen, A. P., Burgdorf, K. S., Banasik, K., Chmura, P. J., Freiberg, J., Rovelt, J., Thornit, D. N., Foster, P., Gazzard, G., Crabb, D. P. & 4 flere, , 2024, I: Acta Ophthalmologica. 102, 1, s. 80-90 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GWAS meta-analysis reveals key risk loci in essential tremor pathogenesis
Estonian Biobank, E. B. & DBDS Genomic Consortium, D. G. C., 2024, I: Communications Biology . 7, 1, 10 s., 504.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- E-pub ahead of print
Integrative common and rare variant analyses provide insights into the genetic architecture of liver cirrhosis
DBDS Genomic Consortium, D. G. C., 2024, (E-pub ahead of print) I: Nature Genetics. 18 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Lifestyle and demographic associations with 47 inflammatory and vascular stress biomarkers in 9876 blood donors
Kjerulff, B., Dowsett, J., Jacobsen, R. L., Gladov, J., Larsen, M. H., Lundgaard, A. T., Banasik, K., Westergaard, D., Mikkelsen, S., Dinh, K. M., Hindhede, L., Kaspersen, K. A., Schwinn, M., Juul, A., Poulsen, B., Lindegaard, B., Pedersen, C. B., Sabel, C. E., Bundgaard, H., Nielsen, H. S. & 30 flere, , 2024, I: Communications Medicine. 4, 15 s., 50.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- E-pub ahead of print
Obesity variants in the GIPR gene do not associate with risk of fracture or bone mineral density
Styrkarsdottir, U., Tragante, V., Stefansdottir, L., Thorleifsson, G., Oddsson, A., Sørensen, E., Erikstrup, C., Schwarz, Peter, Jørgensen, Henrik Løvendahl, Lauritzen, Jes Bruun, Brunak, Søren, Knowlton, K. U., Nadauld, L. D., Ullum, H., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Ostrowski, Sisse Rye, Holm, H., Gudbjartsson, D. F., Sulem, P. & Stefansson, K., 2024, (E-pub ahead of print) I: Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protocol for EHR laboratory data preprocessing and seasonal adjustment using R and RStudio
Muse, V. P. & Brunak, Søren, 2024, I: STAR Protocols. 5, 1, 11 s., 102912.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Seasonally adjusted laboratory reference intervals to improve the performance of machine learning models for classification of cardiovascular diseases
Muse, V. P., Placido, Davide, Haue, Amalie Dahl & Brunak, Søren, 2024, I: BMC Medical Informatics and Decision Making. 24, 62.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Stratification of Kidney Transplant Recipients Into Five Subgroups Based on Temporal Disease Trajectories
Jørgensen, Isabella Friis, Muse, V. P., Aguayo-Orozco, A., Brunak, Søren & Sørensen, Søren Schwartz, 2024, I: Transplantation Direct. 10, 2, 11 s., e1576.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Text mining of electronic health records can validate a register-based diagnosis of epilepsy and subgroup into focal and generalized epilepsy
Vulpius, S. A., Werge, S., Jørgensen, Isabella Friis, Siggaard, T., Hernansanz Biel, J., Knudsen, Gitte Moos, Brunak, Søren & Pinborg, Lars Hageman, 2024, I: Epilepsia. 64, 10, s. 2750-2760 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The robot butler: How and why should we study predictive algorithms and artificial intelligence (AI) in healthcare?
Gjødsbøl, Iben Mundbjerg, Ringgaard, A. K., Holm, Peter Christoffer, Brunak, Søren & Bundgård, Henning, 2024, I: Digital Health. 10, 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- E-pub ahead of print
Variant in the synaptonemal complex protein SYCE2 associates with pregnancy loss through effect on recombination
Steinthorsdottir, V., Halldorsson, B. V., Jonsson, H., Palsson, G., Oddsson, A., Westergaard, D., Arnadottir, G. A., Stefansdottir, L., Banasik, K., Esplin, M. S., Hansen, T. F., Brunak, S., Nyegaard, M., Ostrowski, S. R., Pedersen, O. B. V., Erikstrup, C., Thorleifsson, G., Nadauld, L. D., Haraldsson, A., Steingrimsdottir, T. & 8 flere, , 2024, (E-pub ahead of print) I: Nature Structural and Molecular Biology. 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Variants at the Interleukin 1 Gene Locus and Pericarditis
Thorolfsdottir, R. B., Jonsdottir, A. B., Sveinbjornsson, G., Aegisdottir, H. M., Oddsson, A., Stefansson, O. A., Halldorsson, G. H., Saevarsdottir, S., Thorleifsson, G., Stefansdottir, L., Pedersen, O. B., Sørensen, E., Ghouse, J., Raja, A. A., Zheng, C., Silajdzija, E., Rand, S. A., Erikstrup, C., Ullum, H., Mikkelsen, C. & 26 flere, , 2024, I: JAMA Cardiology. 9, 2, s. 165-172 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2023
- Udgivet
A deep learning algorithm to predict risk of pancreatic cancer from disease trajectories
Placido, D., Yuan, B., Hjaltelin, J. X., Zheng, C., Haue, A. D., Chmura, P. J., Yuan, C., Kim, J., Umeton, R., Antell, G., Chowdhury, A., Franz, A., Brais, L., Andrews, E., Marks, D. S., Regev, A., Ayandeh, S., Brophy, M. T., Do, N. V., Kraft, P. & 5 flere, , 2023, I: Nature Medicine. 29, s. 1113-1122Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A second update on mapping the human genetic architecture of COVID-19
Kanai, M., Andrews, S., Cordioli, M., Stevens, C., Neale, B. M., Daly, M., Ganna, A., Pathak, G. A., Ellinghaus, D., Banasik, K., Brunak, S., Pedersen, O. B., Westergaard, D., Sequeros, C. B., Nissen, J., Feldt-Rasmussen, U., Grønbæk, K., Ostrowski, S. R., Guindo-Martinez, M., Garcia, S. M. & 70 flere, , 2023, I: Nature. 621, 7977, s. E7-E26 23 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A unidirectional mapping of ICD-8 to ICD-10 codes, for harmonized longitudinal analysis of diseases
Pedersen, M. K., Eriksson, R., Reguant, R., Collin, C., Pedersen, H. K., Sørup, Freja Karuna Hemmingsen, Simon, C., Birch, A. M., Larsen, Michael, Nielsen, A. P., Belling, K. & Brunak, Søren, 2023, I: European Journal of Epidemiology. 38, s. 1043–1052 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Abnormal serum levels of magnesium, phosphate, and zinc in ICU patients—Characteristics, management, and outcomes: The WhyTrace cohort study
Vesterlund, G. K., Thorsen-Meyer, H. C., Møller, Morten Hylander, Brunak, Søren, Strøm, T., Perner, Anders & Kaas-Hansen, Benjamin Skov, 2023, I: Acta Anaesthesiologica Scandinavica. 67, 7, s. 925-935 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An Increase in Specialist Treatment for Onychomycosis: An Unexplained Tendency. A Retrospective Study of Patients Treated for Onychomycosis in Danish Hospitals from 1994 to 2018
Andersen, P. L., Jørgensen, Isabella Friis, Saunte, Ditte Marie, Jemec, Gregor, Pedersen, Ole Birger Vesterager & Brunak, Søren, 2023, I: Journal of Fungi. 9, 1, 7 s., 33.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An atlas of genetic determinants of forearm fracture
Nethander, M., Movérare-Skrtic, S., Kämpe, A., Coward, E., Reimann, E., Grahnemo, L., Borbély, É., Helyes, Z., Funck-Brentano, T., Cohen-Solal, M., Tuukkanen, J., Koskela, A., Wu, J., Li, L., Lu, T., Gabrielsen, M. E., Mägi, R., Hoff, M., Lerner, U. H., Henning, P. & 15 flere, , 2023, I: Nature Genetics. 55, 11, s. 1820-1830 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Associations of ABO and Rhesus D blood groups with phenome-wide disease incidence: A 41-year retrospective cohort study of 482,914 patients
Bruun-Rasmussen, P., Dziegiel, Morten Hanefeld, Banasik, Karina, Johansson, Pär Ingemar & Brunak, Søren, 2023, I: eLife. 12, 17 s., e83116.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
BALDR: A Web-based platform for informed comparison and prioritization of biomarker candidates for type 2 diabetes mellitus
Lundgaard, Agnete Troen, Burdet, F., Siggaard, T., Westergaard, David, Vagiaki, D., Cantwell, Lisa, Röder, T., Vistisen, D., Sparsø, T., Giordano, G. N., Ibberson, M., Banasik, Karina & Brunak, Søren, 2023, I: PLOS Computational Biology. 19, 8, 13 s., e1011403.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cohort Profile: The Danish Blood Donor Study
Erikstrup, C., Sørensen, E., Nielsen, K. R., Bruun, M. T., Petersen, M. S., Rostgaard, K., Thørner, L. W., Larsen, M., Mikkelsen, S., Dinh, K. M., Schwinn, M., Rigas, A. S., Didriksen, M., Dowsett, J., von Stemann, J. H., Brodersen, T., Paulsen, I. W., Hindhede, L., Sækmose, S. G., Kaspersen, K. A. & 10 flere, , 2023, I: International Journal of Epidemiology. 52, 3, s. e162-e171 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complex effects of sequence variants on lipid levels and coronary artery disease
Snaebjarnarson, A. S., Helgadottir, A., Arnadottir, G. A., Ivarsdottir, E. V., Thorleifsson, G., Ferkingstad, E., Einarsson, G., Sveinbjornsson, G., Thorgeirsson, T. E., Ulfarsson, M. O., Halldorsson, B. V., Olafsson, I., Erikstrup, C., Pedersen, O. B., Nyegaard, M., Bruun, M. T., Ullum, H., Brunak, S., Iversen, K. K., Christensen, A. H. & 14 flere, , 2023, I: Cell. 186, 19, s. 4085-4099.e15Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DanMAC5: a browser of aggregated sequence variants from 8,671 whole genome sequenced Danish individuals
Banasik, K., Møller, P. L., Techlo, T. R., Holm, P. C., Walters, G. B., Ingason, A., Rosengren, A., Rohde, P. D., Kogelman, L. J. A., Westergaard, D., Siggaard, T., Chmura, P. J., Chalmer, M. A., Magnússon, Ó., Þórisson, G., Stefánsson, H., Guðbjartsson, D. F., Stefánsson, K., Olesen, J., Winther, S. & 5 flere, , 2023, I: BMC Genomic Data. 24, 1, 4 s., 30.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deep integrative models for large-scale human genomics
Sigurdsson, Arnór Ingi, Louloudis, Ioannis, Banasik, Karina, Westergaard, David, Winther, Ole, Lund, O., Ostrowski, Sisse Rye, Erikstrup, C., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Nyegaard, Mette, Brunak, Søren, Vilhjálmsson, B. & Rasmussen, Simon, 2023, I: Nucleic Acids Symposium Series. 51, 12, 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deficit of homozygosity among 1.52 million individuals and genetic causes of recessive lethality
Oddsson, A., Sulem, P., Sveinbjornsson, G., Arnadottir, G. A., Steinthorsdottir, V., Halldorsson, G. H., Atlason, B. A., Oskarsson, G. R., Helgason, H., Nielsen, H. S., Westergaard, D., Karjalainen, J. M., Katrinardottir, H., Fridriksdottir, R., Jensson, B. O., Tragante, V., Ferkingstad, E., Jonsson, H., Gudjonsson, S. A., Beyter, D. & 31 flere, , 2023, I: Nature Communications. 14, 15 s., 3453.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Development of a dynamic prediction model for unplanned ICU admission and mortality in hospitalized patients
Placido, Davide, Thorsen-Meyer, H., Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Reguant, R. & Brunak, Søren, 2023, I: PLOS Digital Health. 2, 6, 18 s., e0000116.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of drug-omics associations in type 2 diabetes with generative deep-learning models: [with Author Correction]
Allesøe, R. L., Lundgaard, A. T., Hernández Medina, R., Aguayo-Orozco, A., Johansen, J., Nissen, J. N., Brorsson, C., Mazzoni, G., Niu, L., Biel, J. H., Brasas, V., Webel, H., Benros, M. E., Pedersen, A. G., Chmura, P. J., Jacobsen, U. P., Mari, A., Koivula, R., Mahajan, A., Vinuela, A. & 31 flere, , 2023, I: Nature Biotechnology. 41, 3, s. 399–408 18 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Drug dosage modifications in 24 million in-patient prescriptions covering eight years: A Danish population-wide study of polypharmacy
Leal Rodríguez, C., Haue, Amalie Dahl, Mazzoni, G., Eriksson, R., Hernansanz Biel, J., Cantwell, Lisa, Westergaard, David, Belling, K. G. & Brunak, Søren, 2023, I: PLOS Digital Health. 2, 9, 27 s., e0000336.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gene expression signature predicts rate of type 1 diabetes progression
Suomi, T., Starskaia, I., Kalim, U. U., Rasool, O., Jaakkola, M. K., Grönroos, T., Välikangas, T., Brorsson, C., Mazzoni, G., Bruggraber, S., Overbergh, L., Dunger, D., Peakman, M., Chmura, P., Brunak, S., Schulte, A. M., Mathieu, C., Knip, M., Lahesmaa, R., Elo, L. L. & 4 flere, , 2023, I: EBioMedicine. 92, 18 s., 104625.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic analysis of blood molecular phenotypes reveals common properties in the regulatory networks affecting complex traits
Brown, A. A., Fernandez-Tajes, J. J., Hong, M. G., Brorsson, C. A., Koivula, R. W., Davtian, D., Dupuis, T., Sartori, A., Michalettou, T. D., Forgie, I. M., Adam, J., Allin, K. H., Caiazzo, R., Cederberg, H., De Masi, F., Elders, P. J. M., Giordano, G. N., Haid, M., Hansen, T., Hansen, T. H. & 134 flere, , 2023, I: Nature Communications. 14, 17 s., 5062.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic prediction of 33 blood group phenotypes using an existing genotype dataset
Moslemi, C., Sækmose, S. G., Larsen, R., Bay, J. T., Brodersen, T., Didriksen, M., Hjalgrim, H., Banasik, K., Nielsen, K. R., Bruun, M. T., Dowsett, J., Dinh, K. M., Mikkelsen, S., Mikkelsen, C., Hansen, T. F., Ullum, H., Erikstrup, C., Brunak, S., Krogfelt, K. A., Storry, J. R. & 3 flere, , 2023, I: Transfusion. 63, 12, s. 2297-2310 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic variants associated with syncope implicate neural and autonomic processes
Aegisdottir, H. M., Thorolfsdottir, R. B., Sveinbjornsson, G., Stefansson, O. A., Gunnarsson, B., Tragante, V., Thorleifsson, G., Stefansdottir, L., Thorgeirsson, T. E., Ferkingstad, E., Sulem, P., Norddahl, G., Rutsdottir, G., Banasik, K., Christensen, A. H., Mikkelsen, C., Pedersen, O. B., Brunak, S., Bruun, M. T., Erikstrup, C. & 26 flere, , 2023, I: European Heart Journal. 44, 12, s. 1070–1080 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide association meta-analysis identifies risk loci for abdominal aortic aneurysm and highlights PCSK9 as a therapeutic target
Roychowdhury, T., Klarin, D., Levin, M. G., Spin, J. M., Rhee, Y. H., Deng, A., Headley, C. A., Tsao, N. L., Gellatly, C., Zuber, V., Shen, F., Hornsby, W. E., Laursen, I. H., Verma, S. S., Locke, A. E., Einarsson, G., Thorleifsson, G., Graham, S. E., Dikilitas, O., Pattee, J. W. & 74 flere, , 2023, I: Nature Genetics. 55, s. 1831–1842 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide association meta-analysis of knee and hip osteoarthritis uncovers genetic differences between patients treated with joint replacement and patients without joint replacement
Henkel, C., Styrkársdóttir, U., Thorleifsson, G., Stefánsdóttir, L., Björnsdóttir, G., Banasik, K., Brunak, S., Erikstrup, C., Dinh, K. M., Hansen, T. F., Nielsen, K. R., Bruun, M. T., Dowsett, J., Brodersen, T., Thorgeirsson, T. E., Gromov, K., Boesen, M. P., Ullum, H., Ostrowski, S. R., Pedersen, O. B. & 3 flere, , 2023, I: Annals of the Rheumatic Diseases. 82, s. 384-392Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide association study of placental weight identifies distinct and shared genetic influences between placental and fetal growth
Beaumont, R. N., Flatley, C., Vaudel, M., Wu, X., Chen, J., Moen, G. H., Skotte, L., Helgeland, Ø., Solé-Navais, P., Banasik, K., Albiñana, C., Ronkainen, J., Fadista, J., Stinson, S. E., Trajanoska, K., Wang, C. A., Westergaard, D., Srinivasan, S., Sánchez-Soriano, C., Bilbao, J. R. & 68 flere, , 2023, I: Nature Genetics. 55, 11, s. 1807-1819 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide meta-analysis identifies 93 risk loci and enables risk prediction equivalent to monogenic forms of venous thromboembolism
Ghouse, J., Tragante, V., Ahlberg, G., Rand, S. A., Jespersen, J. B., Leinøe, E. B., Vissing, C. R., Trudsø, L., Jonsdottir, I., Banasik, K., Brunak, S., Ostrowski, S. R., Pedersen, O. B., Sørensen, E., Erikstrup, C., Bruun, M. T., Nielsen, K. R., Køber, L., Christensen, A. H., Iversen, K. & 16 flere, , 2023, I: Nature Genetics. 55, s. 399-409 18 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of biomarkers for glycaemic deterioration in type 2 diabetes
Slieker, R. C., Donnelly, L. A., Akalestou, E., Lopez-Noriega, L., Melhem, R., Güneş, A., Abou Azar, F., Efanov, A., Georgiadou, E., Muniangi-Muhitu, H., Sheikh, M., Giordano, G. N., Åkerlund, M., Ahlqvist, E., Ali, A., Banasik, K., Brunak, S., Barovic, M., Bouland, G. A., Burdet, F. & 46 flere, , 2023, I: Nature Communications. 14, 18 s., 2533.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pancreatic cancer symptom trajectories from Danish registry data and free text in electronic health records
Hjaltelin, Jessica Xin, Novitski, Sif Ingibergsdóttir, Jørgensen, Isabella Friis, Siggaard, T., Vulpius, S. A., Westergaard, David, Johansen, Julia Sidenius, Chen, I. M., Jensen, Lars Juhl & Brunak, Søren, 2023, I: eLife. 12, 15 s., e84919.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Plasma YKL-40 is associated with prognosis in patients with metastatic pancreatic cancer receiving immune checkpoint inhibitors in combination with radiotherapy
Johansen, A. Z., Novitski, Sif Ingibergsdóttir, Hjaltelin, Jessica Xin, Theile, S., Boisen, M. K., Brunak, Søren, Madsen, Daniel Hargbøl, Nielsen, Dorte Lisbet & Chen, I. M., 2023, I: Frontiers in Immunology. 14, 10 s., 1228907.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Population-Based Characterization of Menstrual Migraine and Proposed Diagnostic Criteria
Chalmer, M. A., Kogelman, L. J. A., Ullum, H., Sørensen, E., Didriksen, Maria, Mikkelsen, S., Dinh, K. M., Brodersen, T., Nielsen, K. R., Bruun, M. T., Banasik, Karina, Brunak, Søren, Erikstrup, C., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Ostrowski, Sisse Rye, Olesen, Jes & Hansen, Thomas Folkmann, 2023, I: JAMA network open. 6, 5, 12 s., e2313235.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Population-wide analysis of hospital laboratory tests to assess seasonal variation and temporal reference interval modification
Muse, V. P., Aguayo-Orozco, A., Balaganeshan, Sedrah Butt & Brunak, Søren, 2023, I: Patterns. 4, 8, 14 s., 100778.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Precision medicine in complex diseases - Molecular subgrouping for improved prediction and treatment stratification
Johansson, Å., Andreassen, O. A., Brunak, Søren, Franks, P. W., Hedman, H., Loos, Ruth, Meder, B., Melén, E., Wheelock, C. E. & Jacobsson, B., 2023, I: Journal of Internal Medicine. 294, 4, s. 378-396 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pregnancy-Associated Bleeding and Genetics: Five Sequence Variants in the Myometrium and Progesterone Signaling Pathway are associated with postpartum hemorrhage
Westergaard, D., Steinthorsdottir, V., Stefansdottir, L., Rohde, P. D., Wu, X., Geller, F., Tyrmi, J., Havulinna, A. S., Navais, P. S., Flatley, C., Ostrowski, S. R., Pedersen, O. B., Erikstrup, C., Sørensen, E., Mikkelsen, C., Brun, M. T., Jensen, B. A., Brodersen, T., Ullum, H., Magnus, P. & 8 flere, , 2023, medRxiv, 51 s. (medRxiv).Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
Rare variants with large effects provide functional insights into the pathology of migraine subtypes, with and without aura
Bjornsdottir, G., Chalmer, M. A., Stefansdottir, L., Skuladottir, A. T., Einarsson, G., Andresdottir, M., Beyter, D., Ferkingstad, E., Gretarsdottir, S., Halldorsson, B. V., Halldorsson, G. H., Helgadottir, A., Helgason, H., Hjorleifsson Eldjarn, G., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Knowlton, K. U., Nadauld, L. D., Lund, S. H. & 30 flere, , 2023, I: Nature Genetics. 55, 11, s. 1843-1853Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Targeted serum proteomics of longitudinal samples from newly diagnosed youth with type 1 diabetes distinguishes markers of disease and C-peptide trajectory
Moulder, R., Välikangas, T., Hirvonen, M. K., Suomi, T., Brorsson, C. A., Lietzén, N., Bruggraber, S. F. A., Overbergh, L., Dunger, D. B., Peakman, M., Chmura, Piotr Jaroslaw, Brunak, Søren, Schulte, A. M., Mathieu, C., Knip, M., Elo, L. L., Lahesmaa, R. & on behalf of the INNODIA consortium, O. B. O. T. I. C., 2023, I: Diabetologia. 66, s. 1983-1996Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The promise of digital healthcare technologies
Yeung, A. W. K., Torkamani, A., Butte, A. J., Glicksberg, B. S., Schuller, B., Rodriguez, B., Ting, D. S. W., Bates, D., Schaden, E., Peng, H., Willschke, H., van der Laak, J., Car, J., Rahimi, K., Celi, L. A., Banach, M., Kletecka-Pulker, M., Kimberger, O., Eils, R., Islam, S. M. S. & 5 flere, , 2023, I: Frontiers in Public Health. 11, 12 s., 1196596.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The small and large intestine contain related mesenchymal subsets that derive from embryonic Gli1+ precursors
Pærregaard, S. I., Wulff, L., Schussek, S., Niss, K., Mörbe, U., Jendholm, J., Wendland, K., Andrusaite, A. T., Brulois, K. F., Nibbs, R. J. B., Sitnik, K., Mowat, A. M. I., Butcher, E. C., Brunak, Søren & Agace, W. W., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 2307.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Visualising disease trajectories from population-wide data
Hjaltelin, Jessica Xin, Currant, H., Jørgensen, Isabella Friis & Brunak, Søren, 2023, I: Frontiers in Bioinformatics. 3, 5 s., 1112113.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
eTRANSAFE: data science to empower translational safety assessment
Sanz, F., Pognan, F., Steger-Hartmann, T., Díaz, C., Asakura, S., Amberg, A., Bécourt-Lhote, N., Blomberg, N., Bosc, N., Briggs, K., Bringezu, F., Brulle-Wohlhueter, C., Brunak, S., Bueters, R., Callegaro, G., Capella-Gutierrez, S., Centeno, E., Corvi, J., Cronin, M. T. D., Drew, P. & 41 flere, , 2023, I: Nature Reviews Drug Discovery. 22, 8, s. 605-606 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- 2022
- Udgivet
A genome-wide meta-analysis identifies 50 genetic loci associated with carpal tunnel syndrome
Skuladottir, A. T., Bjornsdottir, G., Ferkingstad, E., Einarsson, G., Stefansdottir, L., Nawaz, M. S., Oddsson, A., Olafsdottir, T. A., Saevarsdottir, S., Walters, G. B., Magnusson, S. H., Bjornsdottir, A., Sveinsson, O. A., Vikingsson, A., Hansen, T. F., Jacobsen, R. L., Erikstrup, C., Schwinn, M., Brunak, S., Banasik, K. & 11 flere, , 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 9 s., 1598.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cholesterol not particle concentration mediates the atherogenic risk conferred by apolipoprotein B particles - A Mendelian randomization analysis
Helgadottir, A., Thorleifsson, G., Snaebjarnarson, A., Stefansdottir, L., Sveinbjornsson, G., Tragante, V., Björnsson, E., Steinthorsdottir, V., Gretarsdottir, S., Helgason, H., Saemundsdottir, J., Olafsson, I., Thune, J. J., Axelsson Raja, A., Ghouse, J., Olesen, M. S., Christensen, A., Jacobsen, R. L., Dowsett, J., Bruun, M. T. & 18 flere, , 2022, I: European Journal of Preventive Cardiology. 29, 18, s. 2374–2385Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Classification of Left and Right Coronary Arteries in Coronary Angiographies Using Deep Learning
Eschen, Christian Kim, Banasik, Karina, Christensen, Alex Hørby, Chmura, Piotr Jaroslaw, Pedersen, F., Køber, Lars Valeur, Engstrøm, Thomas, Dahl, A. B., Brunak, Søren & Bundgård, Henning, 2022, I: Electronics (Switzerland). 11, 13, 9 s., 2087.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Clinical, genetic, and experimental increase in soluble urokinase plasminogen activator receptor levels promotes atherosclerosis
Hindy, G., Tyrrell, D. J., Vasbinder, A., Wei, C., Presswalla, F., Wang, H., Blakely, P. K., Ozel, A. B., Graham, S. E., Holton, G. H., Dowsett, J., Fahed, A. C., Amadi, K-M., Erne, G. K., Tekumulla, A., Ismail, A., Launius, C., Sotoodehnia, N., Pankow, J. S., Thørner, L. W. & 22 flere, , 2022, I: Journal of Clinical Investigation. 132, 24, 14 s., e158788.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cross-tissue transcriptome-wide association studies identify susceptibility genes shared between schizophrenia and inflammatory bowel disease
Uellendahl-Werth, F., Maj, C., Borisov, O., Juzenas, S., Wacker, E. M., Jorgensen, I. F., Steiert, T. A., Bej, S., Krawitz, P., Hoffmann, P., Schramm, C., Wolkenhauer, O., Banasik, K., Brunak, S., Schreiber, S., Karlsen, T. H., Degenhardt, F., Noethen, M., Franke, A., Folseraas, T. & 1 flere, , 2022, I: Communications Biology. 5, 15 s., 80.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detailed stratified GWAS analysis for severe COVID-19 in four European populations
Degenhardt, F., Ellinghaus, D., Juzenas, S., Lerga-Jaso, J., Wendorff, M., Maya-Miles, D., Uellendahl-Werth, F., ElAbd, H., Rühlemann, M. C., Arora, J., Özer, O., Lenning, O. B., Myhre, R., Vadla, M. S., Wacker, E. M., Wienbrandt, L., Ortiz, A. B., Salazar, A., Chercoles, A. G., Palom, A. & 31 flere, , 2022, I: Human Molecular Genetics. 31, 23, s. 3945-3966 22 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Discrete-time survival analysis in the critically ill: a deep learning approach using heterogeneous data
Thorsen-Meyer, H., Placido, Davide, Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Nielsen, A. P., Lange, Theis, Nielsen, A. B., Toft, P., Schierbeck, J., Strøm, T., Chmura, Piotr Jaroslaw, Heimann, M., Belling, K., Perner, Anders & Brunak, Søren, 2022, I: npj Digital Medicine. 5, 10 s., 142.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Drug interactions in hospital prescriptions in Denmark: Prevalence and associations with adverse outcomes
Rodríguez, C. L., Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Eriksson, R., Biel, J. H., Belling, K. G., Andersen, Stig Ejdrup & Brunak, Søren, 2022, I: Pharmacoepidemiology and Drug Safety. 31, 6, s. 632-642 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Eliciting drug safety signals from patient records: a language-agnostic approach
Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Placido, Davide, Rodriguez, C., Thorsen-Meyer, H., Gentile, S., Nielsen, A., Brunak, Søren, Jürgens, Gesche & Andersen, S., 2022, s. S15-S16. 2 s.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Established risk loci for systemic lupus erythematosus at NCF2, STAT4, TNPO3, IRF5 and ITGAM associate with distinct clinical manifestations: A Danish genome-wide association study
DBDS Genomic Consortium, D. G. C., 2022, I: Joint Bone Spine. 89, 4, 105357.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimating the effect of donor sex on red blood cell transfused patient mortality: A retrospective cohort study using a targeted learning and emulated trials-based approach
Bruun-Rasmussen, P., Andersen, Per Kragh, Banasik, Karina, Brunak, Søren & Johansson, Pär Ingemar , 2022, I: EClinicalMedicine. 51, 10 s., 101628.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Four groups of type 2 diabetes contribute to the etiological and clinical heterogeneity in newly diagnosed individuals: An IMI DIRECT study
Wesolowska-Andersen, A., Brorsson, C. A., Bizzotto, R., Mari, A., Tura, A., Koivula, R., Mahajan, A., Vinuela, A., Tajes, J. F., Sharma, S., Haid, M., Prehn, C., Artati, A., Hong, M. G., Musholt, P. B., Kurbasic, A., Masi, F. D., Tsirigos, K., Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V. & 31 flere, , 2022, I: Cell Reports Medicine. 3, 1, 25 s., 100477.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic Variants Close to TTN, NKX2-5, and MYH6 Associate With AVNRT
Andreasen, L., Ahlberg, G., Ægisdóttir, H. M., Sveinbjörnsson, G., Lundegaard, P. R., Hartmann, J. P., Paludan-Müller, C., Hadji-Turdeghal, K., Ghouse, J., Pehrson, S., Jensen, H. K., Riahi, S., Hansen, J., Sandgaard, N., Sørensen, E., Banasik, K., Sækmose, S. G., Bruun, M. T., Hjalgrim, H., Erikstrup, C. & 18 flere, , 2022, I: Circulation Research. 131, 10, s. 862-865Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Global priorities for large-scale biomarker-based prospective cohorts
Collins, R., Balaconis, M. K., Brunak, Søren, Chen, Z., De Silva, M., Gaziano, J. M., Ginsburg, G. S., Jha, P., Kuri, P., Metspalu, A., Mulder, N. & Risch, N., 2022, I: Cell Genomics. 2, 6, 4 s., 100141.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
Intervening on the Storage Time of RBC Units and its Effects on Adverse Recipient Outcomes using Real-World Data
Bruun-Rasmussen, P., Andersen, Per Kragh, Banasik, Karina, Brunak, Søren & Johansson, Pär Ingemar , 2022, I: Blood. 139, 25, s. 3647–3654Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Language-agnostic pharmacovigilant text mining to elicit side effects from clinical notes and hospital medication records
Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Placido, Davide, Rodríguez, C. L., Thorsen-Meyer, H., Gentile, S., Nielsen, A. P., Brunak, Søren, Jürgens, Gesche & Andersen, Stig Ejdrup, 2022, I: Basic & clinical pharmacology & toxicology. 131, 4, s. 282-293 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Language-agnostic pharmacovigilant text mining to elicit side effects from clinical notes and hospital medication records
Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Placido, Davide, Rodrìguez, C. L., Thorsen-Meyer, H., Gentile, S., Nielsen, A. P., Brunak, Søren, Jürgens, Gesche & Andersen, Stig Ejdrup, 2022, Authorea, (Authorea Preprints).Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
Machine Learning to Identify Patients at Risk of Inappropriate Dosing for Renal Risk Medications: A Critical Comment on Kaas-Hansen et al [Response to Letter]
Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Leal Rodríguez, C., Placido, Davide, Thorsen-Meyer, H., Nielsen, A. P., Dérian, N., Brunak, Søren & Andersen, Stig Ejdrup, 2022, I: Clinical Epidemiology. 14, s. 765-766 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
Modeling of waning immunity after SARS-CoV-2 vaccination and influencing factors
Pérez-Alós, L., Armenteros, J. J. A., Madsen, J. R., Hansen, C. B., Jarlhelt, I., Hamm, S. R., Heftdal, L. D., Pries-Heje, M. M., Møller, D. L., Fogh, K., Hasselbalch, R. B., Rosbjerg, A., Brunak, S., Sørensen, E., Larsen, M. A. H., Ostrowski, S. R., Frikke-Schmidt, R., Bayarri-Olmos, R., Hilsted, L. M., Iversen, K. K. & 3 flere, , 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 11 s., 1614.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multiomics analysis of rheumatoid arthritis yields sequence variants that have large effects on risk of the seropositive subset
Saevarsdottir, S., Stefansdottir, L., Sulem, P., Thorleifsson, G., Ferkingstad, E., Rutsdottir, G., Glintborg, B., Westerlind, H., Grondal, G., Loft, I. C., Sorensen, S. B., Lie, B. A., Brink, M., Ärlestig, L., Arnthorsson, A. O., Baecklund, E., Banasik, K., Bank, S., Bjorkman, L. I., Ellingsen, T. & 31 flere, , 2022, I: Annals of the Rheumatic Diseases. 81, 8, s. 1085-1095Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Polygenic risk score for ACE-inhibitor-associated cough based on the discovery of new genetic loci
Ghouse, J., Tragante, V., Muhammad, A., Ahlberg, G., Skov, M. W., Roden, D. M., Jonsdottir, I., Andreasen, L., Lundegaard, P. R., Trudsø, L. C., Banasik, K., Brunak, S., Ostrowski, S. R., Torp-Pedersen, C., Pedersen, O. V., Sørensen, E., Køber, L., Iversen, K., Thorsteinsdottir, U., Thorgeirsson, G. & 8 flere, , 2022, I: European Heart Journal. 43, 45, s. 4707–4718Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Randomized Phase II Study of Nivolumab with or Without Ipilimumab Combined with Stereotactic Body Radiotherapy for Refractory Metastatic Pancreatic Cancer (CheckPAC)
Chen, I. M., Johansen, Julia Sidenius, Theile, S., Hjaltelin, Jessica Xin, Novitski, Sif Ingibergsdóttir, Brunak, Søren, Hasselby, Jane Preuss, Willemoe, G. L., Lorentzen, T., Madsen, K., Jensen, B. V., Wilken, E. E., Geertsen, P., Behrens, C., Nolsøe, Christian, Hermann, K. L., Svane, Inge Marie & Nielsen, Dorte Lisbet, 2022, I: Journal of Clinical Oncology. 40, 27, s. 3180-3189Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rare SLC13A1 variants associate with intervertebral disc disorder highlighting role of sulfate in disc pathology
Bjornsdottir, G., Stefansdottir, L., Thorleifsson, G., Sulem, P., Norland, K., Ferkingstad, E., Oddsson, A., Zink, F., Lund, S. H., Nawaz, M. S., Bragi Walters, G., Skuladottir, A. T., Gudjonsson, S. A., Einarsson, G., Halldorsson, G. H., Bjarnadottir, V., Sveinbjornsson, G., Helgadottir, A., Styrkarsdottir, U., Gudmundsson, L. J. & 26 flere, , 2022, I: Nature Communications. 13, 13 s., 634.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Reduced vitamin D-induced cathelicidin production and killing of Mycobacterium tuberculosis in macrophages from a patient with a non-functional vitamin D receptor: A case report
Al-Jaberi, F. A. H., Crone, C. G., Lindenstrøm, T., Arildsen, Nicolai Skovbjerg, Lindeløv, E. S., Aagaard, L., Gravesen, E., Mortensen, R., Andersen, A. B., Ølgaard, Klaus, Hjaltelin, Jessica Xin, Brunak, Søren, Bonefeld, Charlotte Menne, Kongsbak-Wismann, Martin & Geisler, Carsten, 2022, I: Frontiers in Immunology. 13, 9 s., 1038960.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Reply to: Immortal time bias in the analysis of drug prescription trajectories
Mortensen, Laust Hvas & Brunak, Søren, 2022, I: npj Digital Medicine. 5, 1, 1 s., 191.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SignalP 6.0 predicts all five types of signal peptides using protein language models
Teufel, Felix Georg, Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Gíslason, M. H., Pihl, S. I., Tsirigos, Konstantinos, Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 2022, I: Nature Biotechnology. 40, s. 1023-1025Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
Temporal patterns of multi-morbidity in 570157 ischemic heart disease patients: a nationwide cohort study
Haue, Amalie Dahl, Armenteros, J. J. A., Holm, Peter Christoffer, Eriksson, R., Moseley, P. L., Køber, Lars Valeur, Bundgård, Henning & Brunak, Søren, 2022, I: Cardiovascular Diabetology. 21, 13 s., 87.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The sequences of 150,119 genomes in the UK Biobank
Halldorsson, B. V., Eggertsson, H. P., Moore, K. H. S., Hauswedell, H., Eiriksson, O., Ulfarsson, M. O., Palsson, G., Hardarson, M. T., Oddsson, A., Jensson, B. O., Kristmundsdottir, S., Sigurpalsdottir, B. D., Stefansson, O. A., Beyter, D., Holley, G., Tragante, V., Gylfason, A., Olason, P. I., Zink, F., Asgeirsdottir, M. & 27 flere, , 2022, I: Nature. 607Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The temporal association of hyperhidrosis and its comorbidities – a nationwide hospital-based cohort study
Henning, M. A. S., Reguant, R., Jørgensen, Isabella Friis, Andersen, Rune Kjærsgaard, Ibler, Kristina Sophie, Pedersen, Ole Birger Vesterager, Jemec, Gregor & Brunak, Søren, 2022, I: Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology. 36, 12, s. 2504-2511Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Type I Interferons Promote Germinal Centers Through B Cell Intrinsic Signaling and Dendritic Cell Dependent Th1 and Tfh Cell Lineages
Dahlgren, M. W., Plumb, A. W., Niss, K., Lahl, K., Brunak, Søren & Johansson-Lindbom, B., 2022, I: Frontiers in Immunology. 13, 18 s., 932388.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Using Machine Learning to Identify Patients at High Risk of Inappropriate Drug Dosing in Periods with Renal Dysfunction
Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Leal Rodríguez, C., Placido, Davide, Thorsen-Meyer, H., Nielsen, A. P., Dérian, N., Brunak, Søren & Andersen, Stig Ejdrup, 2022, I: Clinical Epidemiology. 14, s. 213-223 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
Predictive utilities of lipid traits, lipoprotein subfractions and other risk factors for incident diabetes: a machine learning approach in the Diabetes Prevention Program
Diabetes Prevention Program Research Group, D. P. P. R. G., mar. 2021, I: B M J Open Diabetes Research & Care. 9, 1, 12 s., e001953.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A genome-wide meta-analysis yields 46 new loci associating with biomarkers of iron homeostasis
Bell, S., Rigas, A. S., Magnusson, M. K., Ferkingstad, E., Allara, E., Bjornsdottir, G., Ramond, A., Sørensen, E., Halldorsson, G. H., Paul, D. S., Burgdorf, K. S., Eggertsson, H. P., Howson, J. M. M., Thørner, L. W., Kristmundsdottir, S., Astle, W. J., Erikstrup, C., Sigurdsson, J. K., Vuckovic, D., Dinh, K. M. & 31 flere, , 2021, I: Communications Biology . 4, 1, 14 s., 156.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Acute and persistent symptoms in non-hospitalized PCR-confirmed COVID-19 patients
Bliddal, S., Banasik, Karina, Pedersen, Ole Birger Vesterager, Nissen, J., Cantwell, Lisa, Schwinn, M., Tulstrup, Morten Rytter, Westergaard, David, Ullum, H., Brunak, Søren, Tommerup, Niels, Feenstra, B., Geller, F., Ostrowski, Sisse Rye, Grønbæk, Kirsten, Nielsen, Claus Henrik, Nielsen, Susanne Dam & Feldt-Rasmussen, Ulla, 2021, I: Scientific Reports. 11, 13153.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Artificial Intelligence and Early Detection of Pancreatic Cancer: 2020 Summative Review
Kenner, B., Chari, S. T., Kelsen, D., Klimstra, D. S., Pandol, S. J., Rosenthal, M., Rustgi, A. K., Taylor, J. A., Yala, A., Abul-Husn, N., Andersen, D. K., Bernstein, D., Brunak, S., Canto, M. I., Eldar, Y. C., Fishman, E. K., Fleshman, J., Go, V. L. W., Holt, J. M., Field, B. & 14 flere, , 2021, I: Pancreas. 50, 3, s. 251-279 29 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Association of Variants Near the Bradykinin Receptor B2 Gene With Angioedema in Patients Taking ACE Inhibitors
Ghouse, Jonas, Ahlberg, G., Andreasen, Laura Korsholm, Banasik, Karina, Brunak, Søren, Schwinn, M., Larsen, I. H., Petersen, O., Sørensen, E., Ullum, H., Rasmussen, E. R., Eriksson, N., Hallberg, P., Wadelius, M., Bundgård, Henning & Olesen, Morten Steen Salling, 2021, I: Journal of the American College of Cardiology. 78, 7, s. 696-709 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Chance of live birth: a nationwide, registry-based cohort study
Kolte, A. M., Westergaard, David, Lidegaard, Øjvind, Brunak, Søren & Nielsen, Henriette Svarre, 2021, I: Human Reproduction. 36, 4, s. 1065-1073 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cohort profile: Copenhagen Hospital Biobank - Cardiovascular Disease Cohort (CHB-CVDC): Construction of a large-scale genetic cohort to facilitate a better understanding of heart diseases
Laursen, I. H., Banasik, K., Haue, A. D., Petersen, O., Holm, P. C., Westergaard, D., Bundgaard, H., Brunak, S., Frikke-Schmidt, R., Holm, H., Sørensen, E., Thorner, L. W., Larsen, M. A. H., Schwinn, M., Køber, L., Torp-Pedersen, C., Ostrowski, S. R., Erikstrup, C., Nyegaard, M., Stefansson, H. & 11 flere, , 2021, I: BMJ Open. 11, 12, 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Data Resource Profile: The Copenhagen Hospital Biobank (CHB)
Sørensen, E., Christiansen, L., Wilkowski, B., Larsen, M. H., Burgdorf, Kristoffer Sølvsten, Thørner, L. W., Nissen, J., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Banasik, Karina, Brunak, Søren, Bundgård, Henning, Stefánsson, H., Stefánsson, K., Melbye, M. & Ullum, H., 2021, I: International Journal of Epidemiology. 50, 3, s. 719-720ePublikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detection of Molecular Signatures of Homologous Recombination Deficiency in Bladder Cancer
Pilmark, Judit Börcsök, Diossy, M., Sztupinszki, Z., Prosz, A., Tisza, V., Spisak, S., Rusz, O., Stormoen, D. R., Pappot, Helle, Csabai, I., Brunak, Søren, Mouw, K. W. & Szallasi, Z., 2021, I: Clinical Cancer Research. 27, 13, 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ELIXIR-EXCELERATE: establishing Europe's data infrastructure for the life science research of the future
ELIXIR-EXCELERATE Community, E. C., 2021, I: EMBO Journal. 40, 6, 9 s., e107409.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
Eleven genomic loci affect plasma levels of chronic inflammation marker soluble urokinase-type plasminogen activator receptor
Dowsett, J., Ferkingstad, E., Rasmussen, L. J. H., Thørner, L. W., Magnússon, M. K., Sugden, K., Thorleifsson, G., Frigge, M., Burgdorf, K. S., Ostrowski, S. R., Sørensen, E., Erikstrup, C., Pedersen, O. B., Hansen, T. F., Banasik, K., Brunak, S., Tragante, V., Lund, S. H., Stefansdottir, L., Gunnarson, B. & 10 flere, , 2021, I: Communications Biology . 4, 1, s. 655Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Endotrophin is associated with chronic multimorbidity and all-cause mortality in a cohort of elderly women
Staunstrup, L. M., Bager, C. L., Frederiksen, P., Helge, Jørn Wulff, Brunak, Søren, Christiansen, C. & Karsdal, M., 2021, I: EBioMedicine. 68, 10 s., 103391.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Extrapolation of drug induced liver injury responses from cancer cell lines using machine learning approaches
Aguayo-Orozco, A., Brunak, Søren & Taboureau, O., 2021, I: Computational Toxicology. 17, 6 s., 100147.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic insight into sick sinus syndrome
Thorolfsdottir, R. B., Sveinbjornsson, G., Aegisdottir, H. M., Benonisdottir, S., Stefansdottir, L., Ivarsdottir, E. V., Halldorsson, G. H., Sigurdsson, J. K., Torp-Pedersen, C., Weeke, P. E., Brunak, S., Westergaard, D., Pedersen, O. B., Sørensen, E., Nielsen, K. R., Burgdorf, K. S., Banasik, K., Brumpton, B., Zhou, W., Oddsson, A. & 25 flere, , 2021, I: European Heart Journal. 42, 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide analysis of 944 133 individuals provides insights into the etiology of haemorrhoidal disease
Zheng, T., Ellinghaus, D., Juzenas, S., Cossais, F., Burmeister, G., Mayr, G., Jørgensen, I. F., Teder-Laving, M., Skogholt, A. H., Chen, S., Strege, P. R., Ito, G., Banasik, K., Becker, T., Bokelmann, F., Brunak, S., Buch, S., Clausnitzer, H., Datz, C., Degenhardt, F. & 31 flere, , 2021, I: Gut. 70, 8, s. 1538-1549Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of a Synthetic Lethal Relationship between Nucleotide Excision Repair Deficiency and Irofulven Sensitivity in Urothelial Cancer
Börcsök, J., Sztupinszki, Z., Bekele, R., Gao, S. P., Diossy, M., Samant, A. S., Dillon, K. M., Tisza, V., Spisák, S., Rusz, O., Csabai, I., Pappot, H., Frazier, Z. J., Konieczkowski, D. J., Liu, D., Vasani, N., Rodrigues, J. A., Solit, D. B., Hoffman-Censits, J. H., Plimack, E. R. & 10 flere, , 2021, I: Clinical Cancer Research. 27, 7, s. 2011-2022 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identifying patients at high risk of inappropriate drug dosing in periods with renal dysfunction
Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Rodriguez, C. L., Placido, Davide, Thorsen-Meyer, H., Nielsen, A. P., Dérian, N., Brunak, Søren & Andersen, Stig Ejdrup, 2021, medRxiv.Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
Impaired Vitamin D Signaling in T Cells From a Family With Hereditary Vitamin D Resistant Rickets
Al-Jaberi, F. A. H., Kongsbak-Wismann, Martin, Aguayo-Orozco, A., Krogh, Nicolai, Buus, Terkild Brink, Lopez, D. V., Rode, A. K. O., Gravesen, Eva, Ølgaard, Klaus, Brunak, Søren, Woetmann, Anders , Ødum, Niels, Bonefeld, Charlotte Menne & Geisler, Carsten, 2021, I: Frontiers in Immunology. 12, 11 s., 684015.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Integrating Longitudinal Clinical and Baseline Multiomics Data for Predicting C-Peptide Progression in Newly Diagnosed Type 1 Diabetes: 1111-P
Brorsson, C., Armenteros, J. J. A., Mazzoni, G., Kaur, S., Schulte, A. M., Mathieu, C. & Brunak, Søren, 2021. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Mapping the human genetic architecture of COVID-19
Niemi, M. E. K., Karjalainen, J., Liao, R. G., Neale, B. M., Daly, M., Ganna, A., Pathak, G. A., Andrews, S. J., Kanai, M., Veerapen, K., Fernandez-Cadenas, I., Schulte, E. C., Striano, P., Marttila, M., Minica, C., Marouli, E., Karim, M. A., Wendt, F. R., Savage, J., Sloofman, L. & 41 flere, , 2021, I: Nature. 600, s. 472-477Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Optimizing drug selection from a prescription trajectory of one patient
Aguayo-Orozco, A., Haue, Amalie Dahl, Jørgensen, Isabella Friis, Westergaard, David, Moseley, P. L., Mortensen, Laust Hvas & Brunak, Søren, 2021, I: npj Digital Medicine. 4, 1, 150.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Processes Underlying Glycemic Deterioration in Type 2 Diabetes: An IMI DIRECT Study
Bizzotto, R., Jennison, C., Jones, A. G., Kurbasic, A., Tura, A., Kennedy, G., Bell, J. D., Thomas, E. L., Frost, G., Eriksen, R., Koivula, R. W., Brage, S., Kaye, J., Hattersley, A. T., Heggie, A., McEvoy, D., 't Hart, L. M., Beulens, J. W., Elders, P., Musholt, P. B. & 28 flere, , 2021, I: Diabetes Care. 44, 2, s. 511-518 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Profiles of glucose metabolism in different prediabetes phenotypes, classified by fasting glycemia, 2-hour OGTT, glycated hemoglobin, and 1-hour OGTT: An IMI DIRECT study
Tura, A., Grespan, E., Göbl, C. S., Koivula, R. W., Franks, P. W., Pearson, E. R., Walker, M., Forgie, I. M., Giordano, G. N., Pavo, I., Ruetten, H., Dermitzakis, E. T., McCarthy, M. I., Pedersen, O., Schwenk, J. M., Adamski, J., De Masi, F., Tsirigos, K. D., Brunak, S., Viñuela, A. & 17 flere, , 2021, I: Diabetes. 70, 6, db210227.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Semen quality and waiting time to pregnancy explored using association mining
Romero Herrera, J. A., Bang, A. K., Priskorn, L., Izarzugaza, J. M. G., Brunak, Søren & Jørgensen, N., 2021, I: Andrology. 9, 2, s. 577-587 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The burden of disease of three food-associated heavy metals in clusters in the Danish population - Towards targeted public health strategies
Herrera, J. A. R., Thomsen, S. T., Jakobsen, L. S., Fagt, S., Banasik, Karina, Izarzugaza, J. M. G., Brunak, Søren & Pires, S. M., 2021, I: Food and Chemical Toxicology. 150, 112072.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The impact of early pregnancy complications on completed family size—A nationwide, registry-based cohort study with 40 years of data
Kolte, A. M., Westergaard, David, Lidegaard, Øjvind, Brunak, Søren & Nielsen, Henriette Svarre, 2021, I: Acta Obstetricia et Gynecologica Scandinavica. 100, 12, s. 2226-2233Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Time-ordered comorbidity correlations identify patients at risk of mis- and overdiagnosis
Jørgensen, Isabella Friis & Brunak, Søren, 2021, I: npj Digital Medicine. 4, 10 s., 12.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Understanding inherent image features in CNN-based assessment of diabetic retinopathy
Reguant, R., Brunak, Søren & Saha, S., 2021, I: Scientific Reports. 11, 12 s., 9704.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Dietary metabolite profiling brings new insight into the relationship between nutrition and metabolic risk: An IMI DIRECT study
Eriksen, R., Perez, I. G., Posma, J. M., Haid, M., Sharma, S., Prehn, C., Thomas, L. E., Koivula, R. W., Bizzotto, R., Prehn, C., Mari, A., Giordano, G. N., Pavo, I., Schwenk, J. M., De Masi, F., Tsirigos, K. D., Brunak, S., Viñuela, A., Mahajan, A., McDonald, T. J. & 18 flere, , aug. 2020, I: EBioMedicine. 58, s. 102932Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data
Paczkowska, M., Barenboim, J., Sintupisut, N., Fox, N. S., Zhu, H., Abd-Rabbo, D., Mee, M. W., Boutros, P. C., Abascal, F., Amin, S. B., Bader, G. D., Beroukhim, R., Bertl, J., Boroevich, K. A., Brunak, S., Campbell, P. J., Carlevaro-Fita, J., Chakravarty, D., Chan, C. W. Y., Chen, K. & 30 flere, , 5 feb. 2020, I: Nature Communications. 11, 1, 735.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ARDD 2020: from aging mechanisms to interventions
Mkrtchyan, G. V., Abdelmohsen, K., Andreux, P., Bagdonaite, I., Barzilai, N., Brunak, S., Cabreiro, F., Cabo, R. D., Campisi, J., Cuervo, A. M., Demaria, M., Ewald, C. Y., Fang, E. F., Faragher, R., Ferrucci, L., Freund, A., Silva-García, C. G., Georgievskaya, A., Gladyshev, V. N., Glass, D. J. & 46 flere, , 2020, I: Aging. 12, 24, s. 24486-24503 18 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Age-stratified longitudinal study of Alzheimer's and vascular dementia patients
Jørgensen, Isabella Friis, Aguayo-Orozco, A., Lademann, M. & Brunak, Søren, 2020, I: Alzheimer's & Dementia. s. 908-917Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Alcoholic liver disease: A registry view on comorbidities and disease prediction
Grissa, Dhouha, Nytoft Rasmussen, D., Krag, A., Brunak, Søren & Jensen, Lars Juhl, 2020, I: P L o S One. 16, 9, 19 s., 1008244.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Association between antipsychotic drug dose and length of clinical notes: a proxy of disease severity?
Sørup, Freja Karuna Hemmingsen, Brunak, Søren & Eriksson, R., 2020, I: BMC Medical Research Methodology. 20, 1, 7 s., 107.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis
Carlevaro-Fita, J., Lanzós, A., Feuerbach, L., Hong, C., Mas-Ponte, D., Pedersen, J. S., Johnson, R., Sidiropoulos, N., Weischenfeldt, Joachim Lütken & Brunak, Søren, 2020, I: Communications Biology. 3, 1, s. 1-16 56.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combined burden and functional impact tests for cancer driver discovery using DriverPower
Shuai, S., Abascal, F., Amin, S. B., Bader, G. D., Bandopadhayay, P., Barenboim, J., Beroukhim, R., Bertl, J., Boroevich, K. A., Brunak, S., Campbell, P. J., Carlevaro-Fita, J., Chakravarty, D., Chan, C. W. Y., Chen, K., Choi, J. K., Deu-Pons, J., Dhingra, P., Diamanti, K., Feuerbach, L. & 32 flere, , 2020, I: Nature Communications. 11, 1, 12 s., 734.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete Topological Mapping of a Cellular Protein Interactome Reveals Bow-Tie Motifs as Ubiquitous Connectors of Protein Complexes
Niss, K., Gomez-Casado, C., Hjaltelin, Jessica Xin, Joeris, T., Agace, W. W., Belling, K. G. & Brunak, Søren, 2020, I: Cell Reports. 31, 11, 15 s., 107763.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conflicting associations between dietary patterns and changes of anthropometric traits across subgroups of middle-aged women and men
Jiang, L., Audouze, K., Romero Herrera, J. A., Ängquist, Lars, Kjærulff, S. K., Izarzugaza, J. M. G., Tjønneland, Anne, Halkjær, J., Overvad, K., Sørensen, Thorkild I.A. & Brunak, Søren, 2020, I: Clinical Nutrition. 39, 1, s. 265-275Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Disease Trajectories for Hidradenitis Suppurativa in the Danish Population
Andersen, Rune Kjærsgaard, Jørgensen, Isabella Friis, Reguant, R., Jemec, Gregor & Brunak, Søren, 2020, I: JAMA Dermatology. 156, 7, s. 780-786Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Disease trajectory browser for exploring temporal, population-wide disease progression patterns in 7.2 million Danish patients
Siggaard, T., Reguant, R., Jørgensen, Isabella Friis, Haue, Amalie Dahl, Lademann, M., Aguayo-Orozco, A., Hjaltelin, Jessica Xin, Jensen, A. B., Banasik, Karina & Brunak, Søren, 2020, I: Nature Communications. 11, 1, 10 s., 4952.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamic and explainable machine learning prediction of mortality in patients in the intensive care unit: a retrospective study of high-frequency data in electronic patient records
Thorsen-Meyer, H., Nielsen, A. B., Nielsen, A. P., Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Toft, P., Schierbeck, J., Strøm, T., Chmura, Piotr Jaroslaw, Heimann, M., Dybdahl, L., Spangsege, L., Hulsen, P., Belling, K., Brunak, Søren & Perner, Anders, 2020, I: The Lancet Digital Health. 2, 4, s. e179–91 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effects of active farnesoid X receptor on GLUTag enteroendocrine L cells
Niss, K., Jakobsson, M. E., Westergaard, David, Belling, K. G., Olsen, Jesper Velgaard & Brunak, Søren, 2020, I: Molecular and Cellular Endocrinology. 517, 9 s., 110923.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic variability in the absorption of dietary sterols affects the risk of coronary artery disease
Helgadottir, A., Thorleifsson, G., Alexandersson, K. F., Tragante, V., Thorsteinsdottir, M., Eiriksson, F. F., Gretarsdottir, S., Björnsson, E., Magnusson, O., Sveinbjornsson, G., Jonsdottir, I., Steinthorsdottir, V., Ferkingstad, E., Jensson, B. Ö., Stefansson, H., Olafsson, I., Christensen, A. H., Torp-Pedersen, C., Køber, L., Pedersen, O. B. & 23 flere, , 2020, I: European Heart Journal. 41, 28, s. 2618-2628 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High-throughput sequencing of circulating plasma microRNAs in newly diagnosed type 1 diabetes identifies four different patient clusters
Sebastiani, G., Grieco, G. E., Fignani, D., Chmura, Piotr Jaroslaw, Brorsson, C. A., Bruggraber, S., Pugliese, A., Evans-Molina, C., Knip, M., Peakman, M., Schulte, A. M., Brunak, Søren, Dunger, D. B., Mathieu, C. & Dotta, F., 2020, I: Diabetologia. 63, Suppl. 1, s. S160 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
Identification of heterogenous treatment response trajectories to anti-IL6 receptor treatment in rheumatoid arthritis
Blair, J. P. M., Bay-Jensen, A. -., Tang, M. H., Frederiksen, P., Bager, C., Karsdal, M. & Brunak, Søren, 2020, I: Scientific Reports. 10, 1, 9 s., 13975.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Immune Profiling of Human Gut-Associated Lymphoid Tissue Identifies a Role for Isolated Lymphoid Follicles in Priming of Region-Specific Immunity
Fenton, T. M., Jørgensen, P. B., Niss, K., Rubin, S. J. S., Mörbe, U. M., Riis, Lene Buhl, Da Silva, C., Plumb, A., Vandamme, J., Jakobsen, H. L., Brunak, Søren, Habtezion, A., Nielsen, Ole Haagen, Johansson-Lindbom, B. & Agace, W. W., 2020, I: Immunity. 52, 3, s. 557-570, e1-e6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Implementation and comparison of two text mining methods with a standard pharmacovigilance method for signal detection of medication errors
Eskildsen, N. K., Eriksson, R., Christensen, S. B., Aghassipour, T. S., Bygsø, M. J., Brunak, Søren & Hansen, S. L., 2020, I: BMC Medical Informatics and Decision Making. 20, 1, 11 s., 94.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Linking progression patterns in ischaemic heart disease to comorbidities and genetics by integrated analysis of electronic health records and population-wide registries
Haue, Amalie Dahl, Holm, Peter Christoffer, Siggaard, T., Jørgensen, Isabella Friis, Simone, C., Eriksson, R., Orozco, A. A., Weeke, P. E., Christensen, A. H., Westergaard, David, Banasik, Karina, Køber, Lars Valeur, Ullum, H., Bundgård, Henning & Brunak, Søren, 2020, I: European Heart Journal. 41, s. 3496 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
Lipidomic profiles, lipid trajectories and clinical biomarkers in female elite endurance athletes
V Varga, Tibor, Ali, A., Herrera, J. A. R., Ahonen, L. L., Mattila, I. M., Al-Sari, N. H., Legido-Quigley, C., Skouby, Sven O., Brunak, Søren & Tornberg, Å. B., 2020, I: Scientific Reports. 10, 9 s., 2349.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Number of diagnoses based on number of publications
Andersen, R. K., Bouazzi, D., Jørgensen, F., Brunak, Søren & Jemec, Gregor, 2020, I: Experimental Dermatology. 29, S1, s. 8-9 78.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
Pan-cancer analysis of whole genomes
ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, I. P. A. O. W. G. C., Weischenfeldt, Joachim Lütken, Sidiropoulos, N., Brunak, Søren & Rodriguez Gonzalez, Francisco G, 2020, I: Nature. 578, 7793, s. 82-93 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes
Reyna, M. A., Haan, D., Paczkowska, M., Verbeke, L. P. C., Vazquez, M., Kahraman, A., Pulido-Tamayo, S., Barenboim, J., Wadi, L., Dhingra, P., Shrestha, R., Getz, G., Lawrence, M. S., Pedersen, J. S., Rubin, M. A., Wheeler, D. A., Brunak, S., Izarzugaza, J. M. G., Khurana, E., Marchal, K. & 32 flere, , 2020, I: Nature Communications. 11, 1, s. 1-17 729.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phenome-Wide Analysis of Short- and Long-Run Disease Incidence Following Recurrent Pregnancy Loss Using Data From a 39-Year Period
Westergaard, David, Nielsen, A. P., Mortensen, Laust Hvas, Nielsen, Henriette Svarre & Brunak, Søren, 2020, I: Journal of the American Heart Association. 9, 8, 15 s., e015069.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Post-load glucose subgroups and associated metabolic traits in individuals with type 2 diabetes: An IMI-DIRECT study
Obura, M., Beulens, J. W. J., Slieker, R., Koopman, A. D. M., Hoekstra, T., Nijpels, G., Elders, P., Koivula, R. W., Kurbasic, A., Laakso, M., Hansen, T. H., Ridderstråle, M., Hansen, T., Pavo, I., Forgie, I., Jablonka, B., Ruetten, H., Mari, A., McCarthy, M. I., Walker, M. & 19 flere, , 2020, I: PLoS ONE. 15, 11, 11 s., e0242360.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting and elucidating the etiology of fatty liver disease: A machine learning modeling and validation study in the IMI DIRECT cohorts
Atabaki-Pasdar, N., Ohlsson, M., Viñuela, A., Frau, F., Pomares-Millan, H., Haid, M., Jones, A. G., Thomas, E. L., Koivula, R. W., Kurbasic, A., Mutie, P. M., Fitipaldi, H., Fernandez, J., Dawed, A. Y., Giordano, G. N., Forgie, I. M., McDonald, T. J., Rutters, F., Cederberg, H., Chabanova, E. & 30 flere, , 2020, I: PLoS Medicine. 17, 6, 27 s., e1003149.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pregnancy outcomes and lifetime fecundity - a nationwide, registry-based cohort study
Kolte, A. M., Westergaard, David, Lidegaard, Øjvind, Brunak, Søren & Nielsen, Henriette Svarre, 2020, I: Human Reproduction. 35, Suppl. 1, s. i40 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples
Bailey, M. H., Meyerson, W. U., Dursi, L. J., Wang, L. B., Dong, G., Liang, W. W., Weerasinghe, A., Li, S., Kelso, S., Akbani, R., Anur, P., Bailey, M. H., Buchanan, A., Chiotti, K., Covington, K., Creason, A., Ding, L., Weischenfeldt, J., Brunak, S., Ding, L. & 4 flere, , 2020, I: Nature Communications. 11, 1, 4748.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Secreted breast tumor interstitial fluid microRNAs and their target genes are associated with triple-negative breast cancer, tumor grade, and immune infiltration
Terkelsen, T., Russo, F., Gromov, P., Haakensen, V. D., Brunak, Søren, Gromova, I., Krogh, Anders & Papaleo, E., 2020, I: Breast Cancer Research. 22, 1, 36 s., 73.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sex differences in oncogenic mutational processes
Li, C. H., Prokopec, S. D., Sun, R. X., Yousif, F., Schmitz, N., Boutros, P. C., PCAWG Tumour Subtypes and Clinical Translation, P. T. S. A. C. T. & Brunak, Søren, 2020, I: Nature Communications. 11, 1, 24 s., 4330.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sex differences in text-mined possible adverse drug events associated with drugs for psychosis
Sørup, Freja Karuna Hemmingsen, Eriksson, R., Westergaard, David, Hallas, J., Brunak, Søren & Andersen, Stig Ejdrup, 2020, I: Journal of Psychopharmacology. 34, 5, s. 532-539 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Systems genetics analysis identifies calcium-signaling defects as novel cause of congenital heart disease
Izarzugaza, J. M. G., Ellesøe, S. G., Doganli, Canan, Ehlers, Natasja Spring, Dalgaard, M. D., Audain, E., Dombrowsky, G., Banasik, Karina, Sifrim, A., Wilsdon, A., Thienpont, B., Breckpot, J., Gewillig, M., Brook, J. D., Hitz, M., Larsen, Lars Allan, Brunak, Søren & Competence Network for Congenital Heart Defects, Germany, C. N. F. C. H. D. G., 2020, I: Genome Medicine. 12, 1, 13 s., 76.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The role of physical activity in metabolic homeostasis before and after the onset of type 2 diabetes: an IMI DIRECT study
Koivula, R. W., Atabaki-Pasdar, N., Giordano, G. N., White, T., Adamski, J., Bell, J. D., Beulens, J., Brage, S., Brunak, S., De Masi, F., Dermitzakis, E. T., Forgie, I. M., Frost, G., Hansen, T., Hansen, T. H., Hattersley, A., Kokkola, T., Kurbasic, A., Laakso, M., Mari, A. & 15 flere, , 2020, I: Diabetologia. 63, 4, s. 744-756 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Towards standardization guidelines for in silico approaches in personalized medicine
Brunak, Søren, Bjerre, C. C., Ó Cathaoir, Katharina, Golebiewski, M., Kirschner, M., Kockum, I., Moser, H. & Waltemath, D., 2020, I: Journal of integrative bioinformatics. 17, 2-3, 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Whole blood co-expression modules associate with metabolic traits and type 2 diabetes: an IMI-DIRECT study
Gudmundsdottir, V., Pedersen, H. K., Mazzoni, G., Allin, K. H., Artati, A., Beulens, J. W., Banasik, K., Brorsson, C., Cederberg, H., Chabanova, E., De Masi, F., Elders, P. J., Forgie, I., Giordano, G. N., Grallert, H., Gupta, R., Haid, M., Hansen, T., Hansen, T. H., Hattersley, A. T. & 36 flere, , 2020, I: Genome Medicine. 12, 1, 17 s., 109.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Author Correction: Leveraging European infrastructures to access 1 million human genomes by 2022
Saunders, G., Baudis, M., Becker, R., Beltran, S., Béroud, C., Birney, E., Brooksbank, C., Brunak, S., Van den Bulcke, M., Drysdale, R., Capella-Gutierrez, S., Flicek, P., Florindi, F., Goodhand, P., Gut, I., Heringa, J., Holub, P., Hooyberghs, J., Juty, N., Keane, T. M. & 21 flere, , nov. 2019, I: Nature Reviews. Genetics. 20, 11, s. 702Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
High-Throughput Sequencing-Based Investigation of Viruses in Human Cancers by Multienrichment Approach
Mollerup, S., Asplund, M., Friis-Nielsen, J., Kjartansdóttir, K. R., Fridholm, H., Hansen, T. A., Herrera, J. A. R., Barnes, C. J., Jensen, R. H., Richter, S. R., Nielsen, I. B., Pietroni, C., Alquezar-Planas, D. E., Rey-Iglesia, A., Olsen, P. V. S., Rajpert-De Meyts, E., Groth-Pedersen, L., von Buchwald, C., Jensen, D. H., Gniadecki, R. & 20 flere, , 15 okt. 2019, I: The Journal of Infectious Diseases. 220, 8, s. 1312-1324Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Herpes Simplex Virus Type 1 infection is associated with suicidal behavior and first registered psychiatric diagnosis in a healthy population
Nissen, J., Trabjerg, B., Pedersen, M. G., Banasik, K., Pedersen, O. B., Sørensen, E., Nielsen, K. R., Erikstrup, C., Petersen, M. S., Paarup, H. M., Bruun-Rasmussen, P., Westergaard, D., Hansen, T. F., Pedersen, C. B., Werge, T., Torrey, F., Hjalgrim, H., Mortensen, P. B., Yolken, R., Brunak, S. & 2 flere, , okt. 2019, I: Psychoneuroendocrinology. 108, s. 150-154Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of Heterogenous Treatment Response Trajectories to anti-IL6 Receptor Treatment in Rheumatoid Arthritis
Blair, J. P. M., Bager, C., Tang, M. H. E., Karsdal, M., Bay-Jensen, A. & Brunak, Søren, okt. 2019, I: Arthritis & Rheumatology. 71, S10, 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Population-wide disease trajectories in ischaemic heart disease
Haue, Amalie Dahl, Jørgensen, Isabella Friis, Christensen, A. H. C., Simon, C. S., Haakonsen, M. L. H., Russo, F. R., Rodriguez, C. L. R., Orozco, A. A. O., Siggard, T. S., Banasik, Karina, Weeke, P. E. W., Westergaard, David, Moseley, P. L. M., Bundgård, Henning & Brunak, Søren, okt. 2019, I: European Heart Journal. 40, S1, s. 1214-1214 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
DBDS Genomic Cohort, a prospective and comprehensive resource for integrative and temporal analysis of genetic, environmental and lifestyle factors affecting health of blood donors
Hansen, T. F., Banasik, K., Erikstrup, C., Pedersen, O. B., Westergaard, D., Chmura, P. J., Nielsen, K., Thørner, L., Hjalgrim, H., Paarup, H., Larsen, M. A. H., Petersen, M., Jennum, P., Andersen, S., Nyegaard, M., Jemec, G. B. E., Olesen, J., Werge, T., Johansson, P. I., Sørensen, E. & 3 flere, , 9 jun. 2019, I: BMJ Open. 9, 6, s. 1-7 7 s., e028401.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Infrastruktur for klinik og forskning i Nationalt Genom Center
Ørntoft, T. F., Brunak, Søren, Jespergaard, C., Heickendorff, L., Grønkjær, K. & Løngreen, P., 1 apr. 2019, I: Ugeskrift for Laeger. 181, 7APublikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling
- Udgivet
SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks
Armenteros, J. J. A., Tsirigos, Konstantinos, Sønderby, C. K., Petersen, T. N., Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 18 feb. 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 4, s. 420-423Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling
- Udgivet
A Brief History of Protein Sorting Prediction
Nielsen, H., Tsirigos, Konstantinos, Brunak, Søren & von Heijne, G., 2019, I: The Protein Journal. 38, 3, s. 200-216 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A generic deep convolutional neural network framework for prediction of receptor–ligand interactions - NetPhosPan: application to kinase phosphorylation prediction
Fenoy, E., Izarzugaza, J. M. G., Jurtz, V., Brunak, Søren & Nielsen, M., 2019, I: Bioinformatics. 35, 7, s. 1098-1107Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A large-cohort, longitudinal study determines pre-cancer disease routes across different cancer types
Hjaltelin, Jessica Xin, Helleberg, M., Jensen, A. B., Brunak, Søren & Lundgren, Jens, 2019, I: Cancer Research. 79, 4, s. 864-872Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combined Ensemble Docking and Machine Learning in Identification of Therapeutic Agents with Potential Inhibitory Effect on Human CES1
Briand, E., Thomsen, Ragnar, Linnet, Kristian, Rasmussen, H. B., Brunak, Søren & Taboureau, O., 2019, I: Molecules. 24, 15, 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combing the Hairball: Improving Visualization of miRNA-Target Interaction Networks
Russo, F., Hjaltelin, Jessica Xin, Romero Herrera, J. A. & Brunak, Søren, 2019, MicroRNA Target Identification: Methods and Protocols. Laganà, A. (red.). Humana Press, s. 279-289 11 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1970).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comorbidity landscape of the Danish patient population affected by chromosome abnormalities
Jørgensen, Isabella Friis, Russo, F., Jensen, A. B., Westergaard, David, Lademann, M., Hjaltelin, Jessica Xin, Brunak, Søren & Belling, K., 2019, I: Genetics In Medicine. 21, 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparison of quantitative trait loci methods: Total expression and allelic imbalance method in brain RNA-seq
Gådin, J. R., Buil, A., Colantuoni, C., Jaffe, A. E., Nielsen, J., Shin, J., Hyde, T. M., Kleinman, J. E., Plath, N., Eriksson, P., Brunak, Søren, Didriksen, M., Weinberger, D. R., Folkersen, L. & BrainSeq Consortium, B. C., 2019, I: PLoS ONE. 14, 6, 16 s., e0217765.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Contaminating viral sequences in high-throughput sequencing viromics: a linkage study of 700 sequencing libraries
Asplund, M., Kjartansdóttir, K. R., Mollerup, S., Vinner, L., Fridholm, H., Herrera, J. A. R., Friis-Nielsen, J., Hansen, T. A., Jensen, R. H., Nielsen, I. B., Richter, S. R., Rey-Iglesia, A., Matey-Hernandez, M. L., Alquezar-Planas, D. E., Olsen, P. V. S., Sicheritz-Pontén, T., Willerslev, E., Lund, O., Brunak, S., Mourier, T. & 3 flere, , 2019, I: Clinical Microbiology and Infection. 25, 10, s. 1277-1285Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of biomarkers for glycaemic deterioration before and after the onset of type 2 diabetes: descriptive characteristics of the epidemiological studies within the IMI DIRECT Consortium
Koivula, R. W., Forgie, I. M., Kurbasic, A., Viñuela, A., Heggie, A., Giordano, G. N., Hansen, T. H., Hudson, M., Koopman, A. D. M., Rutters, F., Siloaho, M., Allin, K. H., Brage, S., Brorsson, C. A., Dawed, A. Y., De Masi, F., Groves, C. J., Kokkola, T., Mahajan, A., Perry, M. H. & 31 flere, , 2019, I: Diabetologia. 62, 9, s. 1601-1615Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimating heritability and genetic correlations from large health datasets in the absence of genetic data
Jia, G., Li, Y., Zhang, H., Chattopadhyay, I., Jensen, A. B., Blair, D. R., Davis, L., Robinson, P. N., Dahlen, T., Brunak, Søren, Benson, M., Edgren, G., Cox, N. J., Gao, X. & Rzhetsky, A., 2019, I: Nature Communications. 10, 11 s., 5508.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic studies of abdominal MRI data identify genes regulating hepcidin as major determinants of liver iron concentration
Wilman, H. R., Parisinos, C. A., Atabaki-Pasdar, N., Kelly, M., Thomas, E. L., Neubauer, S., Jennison, C., Ehrhardt, B., Baum, P., Schoelsch, C., Freijer, J., Grempler, R., Graefe-Mody, U., Hennige, A., Dings, C., Lehr, T., Scherer, N., Sihinecich, I., Pattou, F., Raverdi, V. & 31 flere, , 2019, I: Journal of Hepatology. 71, 3, s. 594-602 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of hyper-rewired genomic stress non-oncogene addiction genes across 15 cancer types
Hjaltelin, Jessica Xin, Izarzugaza, J. M. G., Jensen, Lars Juhl, Russo, F., Westergaard, David & Brunak, Søren, 2019, I: npj Systems Biology and Applications. 5, 10 s., 27.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identifying Sepsis Phenotypes
Moseley, P. L. & Brunak, Søren, 2019, I: J A M A: The Journal of the American Medical Association. 322, 14, s. 1416-1417 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
Incorporating symptom data in longitudinal disease trajectories for more detailed patient stratification
Lademann, M., Lademann, M., Boeck Jensen, A. & Brunak, Søren, 2019, I: International Journal of Medical Informatics. 129, s. 107-113 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Large-scale study of Toxoplasma and Cytomegalovirus shows an association between infection and serious psychiatric disorders
Burgdorf, K. S., Trabjerg, B., Giørtz Pedersen, M., Nissen, J., Banasik, K., Birger Pedersen, O., Sørensen, E., René Nielsen, K., Hørup Larsen, M., Erikstrup, C., Bruun-Rasmussen, P., Westergaard, D., Wegner Thørner, L., Hjalgrim, H., Martina Paarup, H., Brunak, S., Pedersen, C. B., Fuller Torrey, E., Werge, T., Bo Mortensen, P. & 2 flere, , 2019, I: Brain, Behavior, and Immunity. 79, s. 152-158Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Leveraging European infrastructures to access 1 million human genomes by 2022
Saunders, G., Baudis, M., Becker, R., Beltran, S., Béroud, C., Birney, E., Brooksbank, C., Brunak, S., Van den Bulcke, M., Drysdale, R., Capella-Gutierrez, S., Flicek, P., Florindi, F., Goodhand, P., Gut, I., Heringa, J., Holub, P., Hooyberghs, J., Juty, N., Keane, T. M. & 21 flere, , 2019, I: Nature Reviews. Genetics. 20, s. 693-701 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Linking glycemic dysregulation in diabetes to symptoms, comorbidities, and genetics through EHR data mining
Kirk, I. K., Simon, C., Banasik, K., Holm, P. C., Haue, A. D., Jensen, P. B., Jensen, L. J., Rodriguez, C. L., Pedersen, M. K., Eriksson, R., Andersen, H. U., Almdal, T., Bork-Jensen, J., Grarup, N., Borch-Johnsen, K., Pedersen, O., Pociot, F., Hansen, T., Bergholdt, R., Rossing, P. & 1 flere, , 2019, I: eLife. 8, 19 s., e44941.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Migraine polygenic risk score associates with efficacy of migraine-specific drugs
Kogelman, L. J. A., Esserlind, A-L., Christensen, A. F., Awasthi, S., Ripke, S., Ingason, A., Davidsson, O. B., Erikstrup, C., Hjalgrim, H., Ullum, H., Olesen, J., Hansen, T. F., Gudbjartsson, D., Gastafsson, O., Stefansson, K., Stefansson, H., Porsteinsdottir, U., Andersen, S., Banasik, K., Brunak, S. & 73 flere, , 2019, I: Neurology: Genetics. 5, 6, 12 s., e364.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Patterns of co-occurrence of congenital heart defects follows distinct patterns
Ellesøe, S. G., Workman, C. T., Bouvagnet, P., Loffredo, C. A., McBride, K. L., Hinton, R. B., van Engelen, K., Gertsen, E. C., Mulder, B. J. M., Postma, A. V., Anderson, R. H., Hjortdal, Vibeke Elisabeth, Brunak, Søren & Larsen, Lars Allan, 2019, I: European Journal of Human Genetics. 26, s. 106 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Population-wide analysis of differences in disease progression patterns in men and women
Westergaard, David, Moseley, P., Sørup, Freja Karuna Hemmingsen, Baldi, P. & Brunak, Søren, 2019, I: Nature Communications. 10, 1, 14 s., 666.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of pancreatic fat and analysis of its determining factors using multi-omics datasets: an IMI DIRECTstudy
Karaderi, Tugce, Mazzoni, G., Brorsson, C., Westergaard, David, Banasik, Karina, Koivula, R., Thomas, L., Bell, J., Franks, P., Pearson, E. & Brunak, Søren, 2019, I: Diabetologia. 62, s. S166-S166Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
Roadmap for a precision-medicine initiative in the Nordic region
Njølstad, P. R., Andreassen, O. A., Brunak, S., Børglum, A. D., Dillner, J., Esko, T., Franks, P. W., Freimer, N., Groop, L., Heimer, H., Hougaard, D. M., Hovig, E., Hveem, K., Jalanko, A., Kaprio, J., Knudsen, G. P., Melbye, M., Metspalu, A., Mortensen, P. B., Palmgren, J. & 11 flere, , 2019, I: Nature Genetics. 51, s. 924-930Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
Survival prediction in intensive-care units based on aggregation of long-term disease history and acute physiology: a retrospective study of the Danish National Patient Registry and electronic patient records
Nielsen, A. B., Thorsen-Meyer, H. C., Belling, K., Nielsen, A. P., Thomas, Cecilia Engel, Chmura, Piotr Jaroslaw, Lademann, M., Moseley, P. L., Heimann, M., Dybdahl, L., Spangsege, L., Hulsen, P., Perner, Anders & Brunak, Søren, 2019, I: The Lancet Digital Health. 1, 2, s. e78-e89 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences
Ison, J., Ienasescu, H., Chmura, P., Rydza, E., Ménager, H., Kalaš, M., Schwämmle, V., Grüning, B., Beard, N., Lopez, R., Duvaud, S., Stockinger, H., Persson, B., Vařeková, R. S., Raček, T., Vondrášek, J., Peterson, H., Salumets, A., Jonassen, I., Hooft, R. & 16 flere, , 2019, I: Genome Biology. 20, 1, 4 s., 164.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The use of systems biology in chemical risk assessment
Aguayo-Orozco, A., Taboureau, O. & Brunak, Søren, 2019, I: Current Opinion in Toxicology. 15, s. 48-54 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
sAOP: linking chemical stressors to adverse outcomes pathway networks
Aguayo-Orozco, A., Audouze, K., Siggaard, T., Barouki, R., Brunak, Søren & Taboureau, O., 2019, I: Bioinformatics. 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Præcisionskardiologi
Haue, Amalie Dahl, Vissing, C. R., Tfelt-Hansen, Jacob, Brunak, Søren, Bundgård, Henning & Weeke, P. E., 1 okt. 2018, I: Ugeskrift for Laeger. 180, 20A, s. 1851-54Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Familial co-occurrence of congenital heart defects follows distinct patterns
Ellesøe, S. G., Workman, C. T., Bouvagnet, P., Loffredo, C. A., McBride, K. L., Hinton, R. B., van Engelen, K., Gertsen, E. C., Mulder, B. J. M., Postma, A. V., Anderson, R. H., Hjortdal, V. E., Brunak, Søren & Larsen, Lars Allan, mar. 2018, I: European Heart Journal. 39, 12, s. 1015–1022Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
miRandola 2017: a curated knowledge base of non-invasive biomarkers
Russo, F., Di Bella, S., Vannini, F., Berti, G., Scoyni, F., Cook, H. V., Santos, A., Nigita, G., Bonnici, V., Laganà, A., Geraci, F., Pulvirenti, A., Giugno, R., De Masi, F., Belling, K., Jensen, Lars Juhl, Brunak, Søren, Pellegrini, M. & Ferro, A., 1 jan. 2018, I: Nucleic Acids Research. 46, D1, s. D354-D359 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Novel Familial Cardiac Arrhythmia Syndrome with Widespread ST-Segment Depression
Bundgård, Henning, Jøns, C., Lodder, E. M., Izarzugaza, J. M. G., Romero Herrera, J. A., Pehrson, S., Tfelt-Hansen, Jacob, Ahlberg, G., Olesen, Morten Steen Salling, Holst, A. G., Wellens, H., de Villiers, C., Hastings, R., Stuart, G., Brunak, Søren, Wilde, A. A. M., Watkins, H. & Christensen, A. H., 2018, I: The New England Journal of Medicine. 379, 18, s. 1780-1781 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
A comprehensive and quantitative comparison of text-mining in 15 million full-text articles versus their corresponding abstracts
Westergaard, David, Stærfeldt, H., Tønsberg, C., Jensen, Lars Juhl & Brunak, Søren, 2018, I: PLoS Computational Biology. 14, 2, 16 s., e1005962.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A computational framework to integrate high-throughput "-omics" datasets for the identification of potential mechanistic links
Pedersen, H. K., Forslund, S. K., Gudmundsdottir, V., Petersen, A. Ø., Hildebrand, F., Hyötyläinen, T., Nielsen, T., Hansen, Torben, Bork, P., Ehrlich, S. D., Brunak, Søren, Oresic, M., Pedersen, Oluf Borbye & Nielsen, H. B., 2018, I: Nature Protocols. 13, 12, s. 2781-2800 20 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Accurate genotyping across variant classes and lengths using variant graphs
Sibbesen, Jonas Andreas, Maretty, L., Krogh, Anders, Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Guo, X., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J. & Brunak, Søren, 2018, I: Nature Genetics. 50, s. 1054-1059 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analysis of Time-Series Gene Expression Data to Explore Mechanisms of Chemical-Induced Hepatic Steatosis Toxicity
Aguayo-Orozco, A., Bois, F. Y., Brunak, Søren & Taboureau, O., 2018, I: Frontiers in Genetics. 9, s. 1-15 396.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analysis of a gene panel for targeted sequencing of colorectal cancer samples
Jensen, K. H., Izarzugaza, J. M. G., Juncker, A. S., Hansen, R. B., Hansen, T. F., Timshel, P., Blondal, T., Jensen, T. S., Rygaard-Hjalsted, E., Mouritzen, P., Thorsen, M., Wernersson, R., Nielsen, H. B., Jakobsen, A., Brunak, Søren & Sørensen, F. B., 2018, I: OncoTarget. 9, 10, s. 9043-9060 18 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Benchmarking the HLA typing performance of Polysolver and Optitype in 50 Danish parental trios
Matey-Hernandez, M. L., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Brunak, Søren, Izarzugaza, J. M. G., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Sun, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff & Kristiansen, Karsten, 2018, I: BMC Bioinformatics. 19, s. 1-12 239.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comorbidity landscape of the Danish patient population affected by chromosomal abnormalities
Russo, F., Jørgensen, Isabella Friis, Westergaard, David, Jensen, A. B., Hjaltelin, Jessica Xin, Belling, K. & Brunak, Søren, 2018, I: European Journal of Human Genetics. 26, s. 697-698Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
Ibuprofen alters human testicular physiology to produce a state of compensated hypogonadism
Kristensen, D. M., Desdoits-Lethimonier, C., Mackey, Abigail, Dalgaard, M. D., De Masi, F., Munkbøl, C. H., Styrishave, Bjarne, Antignac, J., Le Bizec, B., Platel, C., Hay-Schmidt, Anders, Jensen, T. K., Lesné, L., Mazaud-Guittot, S., Kristiansen, Karsten, Brunak, Søren, Kjær, Michael, Juul, Anders & Jégou, B., 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 4, s. e715-e724 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identifying the druggable interactome of EWS-FLI1 reveals MCL-1 dependent differential sensitivities of Ewing sarcoma cells to apoptosis inducers
Tsafou, K., Katschnig, A. M., Radic-Sarikas, B., Mutz, C. N., Iljin, K., Schwentner, R., Kauer, M. O., Mühlbacher, K., Aryee, D. N. T., Westergaard, David, Haapa-Paananen, S., Fey, V., Superti-Furga, G., Toretsky, J., Brunak, Søren & Kovar, H., 2018, I: OncoTarget. 9, 57, s. 31018-31031 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Increase in clinically recorded type 2 diabetes after colectomy
Jensen, A. B., Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Jess, T., Brunak, Søren & Allin, K. H., 2018, I: eLife. 7, e37420.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Integrative network analysis highlights biological processes underlying GLP-1 stimulated insulin secretion: A DIRECT study
Gudmundsdottir, V., Pedersen, H. K., Allebrandt, K. V., Brorsson, C. A., van Leeuwen, N., Banasik, K., Mahajan, A., Groves, C. J., van de Bunt, M., Dawed, A. Y., Fritsche, A., Staiger, H., Simonis-Bik, A. M. C., Deelen, J., Kramer, M. H. H., Dietrich, A., Hübschle, T., Willemsen, G., Häring, H-U., de Geus, E. J. C. & 8 flere, , 2018, I: P L o S One. 13, 1, s. 1-19 e0189886.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metabolite ratios as potential biomarkers for type 2 diabetes: a DIRECT study
Molnos, S., Wahl, S., Haid, M., Eekhoff, E. M. W., Pool, R., Floegel, A., Deelen, J., Much, D., Prehn, C., Breier, M., Draisma, H. H., van Leeuwen, N., Simonis-Bik, A. M. C., Jonsson, A., Willemsen, G., Bernigau, W., Wang-Sattler, R., Suhre, K., Peters, A., Thorand, B. & 24 flere, , 2018, I: Diabetologia. 61, 1, s. 117-129 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protective role of the vulture facial skin and gut microbiomes aid adaptation to scavenging
Zepeda Mendoza, M. L., Roggenbuck, M., Manzano Vargas, K., Hansen, L. H., Brunak, Søren, Gilbert, M Thomas P & Sicheritz-Pontén, Thomas, 2018, I: Acta Veterinaria Scandinavica. 60, 1, s. 1-19 19 s., 61.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Retinoic Acid Signaling in Thymic Epithelial Cells Regulates Thymopoiesis
Wendland, K., Niss, K., Kotarsky, K., Wu, N. Y. H., White, A. J., Jendholm, L. J., Rivollier, A., Izarzugaza, J. M. G., Brunak, Søren, Holländer, G. A., Anderson, G., Sitnik, K. M. & Agace, W. W., 2018, I: Journal of Immunology. 201, 2, s. 524-532 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Interplay of Non-coding RNAs and X Chromosome Inactivation in Human Disease
Russo, F., De Masi, F., Brunak, Søren & Belling, K. G., 2018, Systems Biology. Rajewsky, N., Jurga, S. & Barciszewski, J. (red.). Springer, s. 229-238 (RNA Technologies).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The governance structure for data access in the DIRECT consortium: an innovative medicines initiative (IMI) project
Teare, H. J. A., de Masi, F., Banasik, Karina, Barnett, A., Herrgard, S., Jablonka, B., Postma, J. W. M., McDonald, T. J., Forgie, I., Chmura, P. J., Rydzka, E. K., Gupta, R., Brunak, Søren, Pearson, E. & Kaye, J., 2018, I: Life Sciences, Society and Policy. 14, 1, s. 1-17 20.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The protein kinase SIK downregulates the polarity protein Par3
Vanlandewijck, M., Dadras, M. S., Lomnytska, M., Mahzabin, T., Miller, M. L., Busch, C., Brunak, Søren, Heldin, C. & Moustakas, A., 2018, I: OncoTarget. 9, 5, s. 5716-5735 20 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptome analysis of the adult human Klinefelter testis and cellularity-matched controls reveals disturbed differentiation of Sertoli- and Leydig cells
Winge, S. B., Dalgaard, M. D., Belling, K. G., Jensen, J. M., Nielsen, J. E., Aksglaede, L., Schierup, M. H., Brunak, Søren, Skakkebæk, Niels Erik, Juul, Anders, Rajpert-De Meyts, E. & Almstrup, Kristian, 2018, I: Cell Death & Disease. 9, 6, 14 s., 586.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Unexplored therapeutic opportunities in the human genome
Oprea, T. I., Bologa, C. G., Brunak, S., Campbell, A., Gan, G. N., Gaulton, A., Gomez, S. M., Guha, R., Hersey, A., Holmes, J., Jadhav, A., Jensen, L. J., Johnson, G. L., Karlson, A., Leach, A. R., Ma'ayan, A., Malovannaya, A., Mani, S., Mathias, S. L., McManus, M. T. & 21 flere, , 2018, I: Nature Reviews. Drug Discovery. 17, 5, s. 317-332 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
Legacy data sharing to improve drug safety assessment: the eTOX project
Sanz, F., Pognan, F., Steger-Hartmann, T., Díaz, C., Cases, M., Pastor, M., Marc, P., Wichard, J., Briggs, K., Watson, D. K., Kleinöder, T., Yang, C., Amberg, A., Beaumont, M., Brookes, A. J., Brunak, S., Cronin, M. T. D., Ecker, G. F., Escher, S., Greene, N. & 17 flere, , dec. 2017, I: Nature Reviews. Drug Discovery. 16, 12, s. 811-812 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein features as determinants of wild-type glycoside hydrolase thermostability
Geertz-Hansen, H. M., Kiemer, L., Nielsen, M., Stanchev, K., Blom, N., Brunak, Søren & Petersen, T. N., nov. 2017, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 85, 11, s. 2036-2044 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Assembly and analysis of 100 full MHC haplotypes from the Danish population
Jensen, J. M., Villesen, P., Friborg, R. M., Mailund, T., Besenbacher, S., Sørensen, L. M., Petersen, B., Sibbesen, J. A., Liu, S., Skov, L., Belling, K. G., Have, C. T., Izarzugaza, J. M. G., Grosjean, M., Bork-Jensen, J., Grove, J., Als, T. D., Huang, S., Chang, Y., Xu, R. & 39 flere, , sep. 2017, I: Genome Research. 27, 9, s. 1597-1607 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Lapatinib potentiates cytotoxicity of YM155 in neuroblastoma via inhibition of the ABCB1 efflux transporter
Radic-Sarikas, B., Halasz, M., Huber, K. V. M., Winter, G. E., Tsafou, K. P., Papamarkou, T., Brunak, Søren, Kolch, W. & Superti-Furga, G., 8 jun. 2017, I: Scientific Reports. 7, 1, s. 3091Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Corrigendum: Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota
Forslund, K., Hildebrand, F., Nielsen, T., Falony, G., Le Chatelier, E., Sunagawa, S., Prifti, E., Vieira-Silva, S., Gudmundsdottir, V., Pedersen, H. K., Arumugam, M., Kristiansen, K., Voigt, A. Y., Vestergaard, H., Hercog, R., Costea, P. I., Kultima, J. R., Li, J., Jørgensen, T., Levenez, F. & 10 flere, , 3 maj 2017, I: Nature. 545, 116, 1 s., 22318.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
Comparison of global gene expression profiles of microdissected human foetal Leydig cells with their normal and hyperplastic adult equivalents
Lottrup, G., Belling, K., Leffers, H., Nielsen, J. E., Dalgaard, M. D., Juul, Anders, Skakkebæk, Niels Erik, Brunak, Søren & Meyts, E. R., 1 maj 2017, I: Molecular Human Reproduction. 23, 5, s. 339-354 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Klinefelter syndrome comorbidities linked to increased X chromosome gene dosage and altered protein interactome activity
Belling, K., Russo, F., Jensen, A. B., Dalgaard, M. D., Westergaard, David, Rajpert-De Meyts, E., Skakkebæk, Niels Erik, Juul, Anders & Brunak, Søren, 1 apr. 2017, I: Human Molecular Genetics. 26, 7, s. 1219-1229 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Mapping of 79 loci for 83 plasma protein biomarkers in cardiovascular disease
Folkersen, L., Fauman, E., Sabater-Lleal, M., Strawbridge, R. J., Frånberg, M., Sennblad, B., Baldassarre, D., Veglia, F., Humphries, S. E., Rauramaa, R., de Faire, U., Smit, A. J., Giral, P., Kurl, S., Mannarino, E., Enroth, S., Johansson, Å., Enroth, S. B., Gustafsson, S., Lind, L. & 13 flere, , apr. 2017, I: P L o S Genetics. 13, 4, 21 s., e1006706.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phosphoproteomics of Primary Cells Reveals Druggable Kinase Signatures in Ovarian Cancer
Francavilla, C., Lupia, M., Tsafou, K., Villa, A., Kowalczyk, K., Rakownikow Jersie-Christensen, R., Bertalot, G., Confalonieri, S., Brunak, Søren, Jensen, Lars Juhl, Cavallaro, U. & Olsen, Jesper Velgaard, 28 mar. 2017, I: Cell Reports. 18, 13, s. 3242-3256 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Chromosome-wise Protein Interaction Patterns and Their Impact on Functional Implications of Large-Scale Genomic Aberrations
Kirk, I. K., Weinhold, N., Belling, K., Skakkebæk, Niels Erik, Jensen, T. S., Leffers, H., Juul, Anders & Brunak, Søren, 22 mar. 2017, I: Cell Systems. 4, 3, 11 s., 357-364.e3.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Early differences in islets from prediabetic NOD mice: combined microarray and proteomic analysis
Crèvecoeur, I., Gudmundsdottir, V., Vig, S., Marques Câmara Sodré, F., D'Hertog, W., Fierro, A. C., Van Lommel, L., Gysemans, C., Marchal, K., Waelkens, E., Schuit, F., Brunak, Søren, Overbergh, L. & Mathieu, C., mar. 2017, I: Diabetologia. 60, 3, s. 475-489 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cutavirus in cutaneous malignant melanoma
Mollerup, S., Fridholm, E. M. H., Vinner, Lasse, Kjartansdóttir, K. R., Friis-Nielsen, J., Asplund, M., Romero, J. A. H., Steiniche, T., Mourier, T., Brunak, Søren, Willerslev, Eske, Izarzugaza, J. M. G., Hansen, Anders Johannes & Nielsen, L. P., feb. 2017, I: Emerging Infectious Diseases . 23, 2, s. 363-365 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Nomenclature for alleles of the human carboxylesterase 1 gene
INDICES Consortium, I. C., 1 jan. 2017, I: Pharmacogenetics and Genomics. 27, 2, s. 78-80 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A scored human protein-protein interaction network to catalyze genomic interpretation
Li, T., Wernersson, R., Hansen, R. B., Horn, H., Mercer, J., Slodkowicz, G., Workman, C. T., Rigina, O., Rapacki, K., Stærfeldt, H. H., Brunak, Søren, Jensen, T. S. & Hansen, K. L., jan. 2017, I: Nature Methods. 14, 1, s. 61–64Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pharos: Collating protein information to shed light on the druggable genome
Nguyen, D-T., Mathias, S., Bologa, C., Brunak, S., Fernandez, N., Gaulton, A., Hersey, A., Holmes, J., Jensen, L. J., Karlsson, A., Liu, G., Ma'ayan, A., Mandava, G., Mani, S., Mehta, S., Overington, J., Patel, J., Rouillard, A. D., Schürer, S., Sheils, T. & 10 flere, , jan. 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, D1, s. D995–D1002Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analysis of 62 hybrid assembled human Y chromosomes exposes rapid structural changes and high rates of gene conversion
Skov, L., Schierup, M. H., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Rasmussen, Simon, Kristiansen, Karsten & Brunak, Søren, 2017, I: PLOS Genetics. 13, 8, s. e1006834Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
MicroRNAs, Regulatory Networks, and Comorbidities: Decoding Complex Systems
Russo, F., Belling, K., Jensen, A. B., Scoyni, F., Brunak, Søren & Pellegrini, M., 2017, I: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 1580, s. 281-295 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pancreatic Islet Protein Complexes and Their Dysregulation in Type 2 Diabetes
Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V. & Brunak, Søren, 2017, I: Frontiers in Genetics. 8, 43.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prenatal exposure to paracetamol/acetaminophen and precursor aniline impairs masculinisation of male brain and behaviour
Hay-Schmidt, Anders, Finkielman, O. T. E., Jensen, Benjamin Anderschou Holbech, Høgsbro, C. F., Holm, J. B., Johansen, K. H., Jensen, T. K., Andrade, A. M., Swan, S. H., Bornehag, C., Brunak, Søren, Jegou, B., Kristiansen, Karsten & Kristensen, D. M., 2017, I: Reproduction. 154, 2, s. 145-152 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequencing and de novo assembly of 150 genomes from Denmark as a population reference
Sørensen, L. M., Jensen, J. M., Petersen, B., Sibbesen, J. A., Liu, S., Villesen, P., Skov, L., Belling, K. G., Have, C. T., Izarzugaza, J. M. G., Grosjean, M., Bork-Jensen, J., Grove, J., Als, T. D., Huang, S., Chang, Y., Xu, R., Ye, W., Rao, J., Guo, X. & 39 flere, , 2017, I: Nature. 548, 7665, s. 87-91 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The impact of the protein interactome on the syntenic structure of mammalian genomes
Kirk, I. K., Weinhold, N., Brunak, Søren & Belling, K., 2017, I: PLOS ONE. 12, 9, 14 s., e0179112.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Diagnosis trajectories of prior multi-morbidity predict sepsis mortality
Beck, M. K., Jensen, A. B., Nielsen, A. B., Perner, Anders, Moseley, P. L. & Brunak, Søren, 4 nov. 2016, I: Scientific Reports. 6, 9 s., 36624.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Network biology concepts in complex disease comorbidities
Hjaltelin, Jessica Xin, Thomas, Cecilia Engel & Brunak, Søren, okt. 2016, I: Nature Reviews. Genetics. 17, s. 615–629Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The hunt for fatal myocardial infarction biomarkers: predictive circulating microRNAs
Russo, F., Rizzo, M., Belling, K., Brunak, Søren & Folkersen, L., okt. 2016, I: Journal of Translational Medicine. 4, Suppl 1, 4 s., S1.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning
- Udgivet
Transcriptional interactions suggest niche segregation among microorganisms in the human gut
Plichta, D. R., Juncker, A. S., Bertalan, M., Rettedal, E., Gautier, L., Varela, E., Manichanh, C., Fouqueray, C., Levenez, F., Nielsen, T., Doré, J., Machado, A. M. D., de Evgrafov, M. C. R., Hansen, T., Jørgensen, T., Bork, P., Guarner, F., Pedersen, O., Metagenomics of the Human Intestinal Tract (MetaHIT) Consortium, Sommer, M. O. A. & 4 flere, , 26 aug. 2016, I: Nature Microbiology. 1, s. 1-6 6 s., 16152.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
KinMutRF: a random forest classifier of sequence variants in the human protein kinase superfamily
Pons, T., Vazquez, M., Matey-Hernandez, M. L., Brunak, Søren, Valencia, A. & Izarzugaza, J. M., 23 jun. 2016, I: BMC Genomics. 17, Suppl 2, 11 s., 396.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Investigating the impact of missense mutations in hCES1 by in silico structure-based approaches
Nzabonimpa, G. S., Rasmussen, Henrik Berg, Brunak, Søren, Taboureau, O. & INDICES Consortium, I. C., jun. 2016, I: Drug Metabolism and Personalized Therapy. 31, 2, s. 97-106 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Familial Atrial Septal Defect and Sudden Cardiac Death: Identification of a Novel NKX2-5 Mutation and a Review of the Literature
Ellesøe, S. G., Johansen, M. M., Bjerre, J. V., Hjortdal, V. E., Brunak, Søren & Larsen, Lars Allan, 1 maj 2016, I: Congenital Heart Disease. 11, 3, s. 283–290 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analysis of five chronic inflammatory diseases identifies 27 new associations and highlights disease-specific patterns at shared loci
Ellinghaus, D., Jostins, L., Spain, S. L., Cortes, A., Bethune, J., Han, B., Park, Y. R., Raychaudhuri, S., Pouget, J. G., Hübenthal, M., Folseraas, T., Wang, Y., Esko, T., Metspalu, A., Westra, H-J., Franke, L., Pers, T. H., Weersma, R. K., Collij, V., D'Amato, M. & 26 flere, , maj 2016, I: Nature Genetics. 48, 5, s. 510-521 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
How Suitable Are Registry Data for Recurrence Risk Calculations? Validation of Diagnoses on 1,593 Families With Congenital Heart Disease
Ellesøe, S. G., Jensen, A. B., Ängquist, Lars, Hjortdal, V. E., Larsen, Lars Allan & Brunak, Søren, mar. 2016, I: World journal for pediatric & congenital heart surgery. 7, 2, s. 169-77 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
wKinMut-2: Identification and Interpretation of Pathogenic Variants in Human Protein Kinases
Vazquez, M., Pons, T., Brunak, Søren, Valencia, A. & Izarzugaza, J. M. G., jan. 2016, I: Human Mutation. 37, 1, s. 36-42 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A genomic history of aboriginal Australia
Malaspinas, A. S., Westaway, M. C., Muller, C. E., Sousa, V. C., Lao, O., Alves, I., Bergström, A., Athanasiadis, G., Cheng, J. Y., Crawford, J. E., Heupink, T. H., Macholdt, E., Peischl, S., Rasmussen, S., Schiffels, S., Subramanian, S., Wright, J. L., Albrechtsen, A., Barbieri, C., Dupanloup, I. & 55 flere, , 2016, I: Nature. 538, 7624, s. 207-214 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ChemProt-3.0: a global chemical biology diseases mapping
Kringelum, J. V., Kjærulff, S. K., Brunak, Søren, Lund, O., Oprea, T. I. & Taboureau, O. T., 2016, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2016, 7 s., bav123.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Human gut microbes impact host serum metabolome and insulin sensitivity
Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V., Nielsen, H. B., Hyotylainen, T., Nielsen, T., Jensen, B. A. H., Forslund, K., Hildebrand, F., Prifti, E., Falony, G., Le Chatelier, E., Levenez, F., Doré, J., Mattila, I., Plichta, D. R., Pöhö, P., Hellgren, L. I., Arumugam, M., Sunagawa, S., Vieira-Silva, S. & 14 flere, , 2016, I: Nature. 535, 7612, s. 376-381 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of known and novel recurrent viral sequences in data from multiple patients and multiple cancers
Friis-Nielsen, J., Kjartansdóttir, K. R., Mollerup, S., Asplund, M., Mourier, T., Jensen, R. H., Hansen, T. A., Rey de la Iglesia, A., Richter, S. R., Nielsen, I. B., Alquezar Planas, D. E., Olsen, P. V. S., Vinner, L., Fridholm, E. M. H., Nielsen, L. P., Willerslev, E., Sicheritz-Pontén, T., Lund, O., Hansen, A. J., Izarzugaza, J. M. G. & 1 flere, , 2016, I: Viruses. 8, 2, 16 s., 53.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
In Silico Systems Pharmacology to Assess Drug's Therapeutic and Toxic Effects
Orozco, A. A., Audouze, K., Brunak, Søren & Taboureau, O., 2016, I: Current Pharmaceutical Design. 22, 46, s. 6895-6902 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Integration of known DNA, RNA and protein biomarkers provides prediction of anti-TNF response in rheumatoid arthritis: results from the COMBINE study
Folkersen, L., Brynedal, B., Diaz-Gallo, L. M., Ramsköld, D., Shchetynsky, K., Westerlind, H., Sundström, Y., Schepis, D., Hensvold, A., Vivar, N., Eloranta, M., Rönnblom, L., Brunak, Søren, Malmström, V., Catrina, A. I., Mørch, U. G., Klareskog, L., Padyukov, L. & Berg, L., 2016, I: Molecular medicine (Cambridge, Mass.). 22, s. 3223328Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Propionibacterium acnes: disease-causing agent or common contaminant? Detection in diverse patient samples by next-generation sequencing
Mollerup, S., Friis-Nielsen, J., Vinner, Lasse, Hansen, T. A., Richter, S. R., Fridholm, E. M. H., Herrera, J. A. R., Lund, O., Brunak, Søren, Izarzugaza, J. M. G., Mourier, T., Nielsen, L. P. & Hansen, Anders Johannes, 2016, I: Journal of Clinical Microbiology. 54, 4, s. 980-987 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ranking factors involved in diabetes remission after bariatric surgery using machine-learning integrating clinical and genomic biomarkers
Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V., Pedersen, M. K., Brorsson, C., Brunak, Søren & Gupta, R., 2016, I: npj Genomic Medicine. 1, 16035.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
TEMPORAL ORDER OF DISEASE PAIRS AFFECTS SUBSEQUENT DISEASE TRAJECTORIES: THE CASE OF DIABETES AND SLEEP APNEA
Beck, M. K., Westergaard, David, Jensen, A. B., Groop, L. & Brunak, Søren, 2016, I: Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing. 22, s. 380-389 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources
Ison, J., Rapacki, K., Ménager, H., Kalaš, M., Rydza, E., Chmura, P., Anthon, C., Beard, N., Berka, K., Bolser, D., Booth, T., Bretaudeau, A., Brezovsky, J., Casadio, R., Cesareni, G., Coppens, F., Cornell, M., Cuccuru, G., Davidsen, K., Vedova, G. D. & 49 flere, , 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D38-D47 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
Long-term risk of cardiovascular and cerebrovascular disease after removal of the colonic microbiota by colectomy: a cohort study based on the Danish National Patient Register from 1996 to 2014
Jensen, A. B., Ajslev, T. A., Brunak, Søren & Sørensen, Thorkild I.A., 15 dec. 2015, I: B M J Open. 5, 8 s., e008702.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A proteomic study of the regulatory role for STAT-1 in cytokine-induced beta-cell death
Rondas, D., Gudmundsdottir, V., D'Hertog, W., Crèvecoeur, I., Waelkens, E., Brunak, Søren, Mathieu, C. & Overbergh, L., okt. 2015, I: Proteomics - Clinical Applications. 9, 9-10, s. 938–952 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Individualization of treatments with drugs metabolized by CES1: combining genetics and metabolomics
Rasmussen, Henrik Berg, Bjerre, D., Linnet, Kristian, Jürgens, G., Dalhoff, Kim, Stefansson, H., Hankemeier, T., Kaddurah-Daouk, R., Taboureau, O., Brunak, Søren, Houmann, T., Jeppesen, Pia, Pagsberg, Anne Katrine, Plessen, K., Dyrborg, J., Hansen, Peter Riis, Hansen, P. E., Hughes, T., Werge, Thomas & INDICES Consortium, I. C., apr. 2015, I: Pharmacogenomics. 16, 6, s. 649-65Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota
Forslund, K., Hildebrand, F., Nielsen, T., Falony, G., Le Chatelier, E., Sunagawa, S., Prifti, E., Vieira-Silva, S., Gudmundsdottir, V., Pedersen, H. K., Arumugam, M., Kristiansen, K., Yvonne Voigt, A., Vestergaard, H., Hercog, R., Igor Costea, P., Roat Kultima, J., Li, J., Jørgensen, T., Levenez, F. & 9 flere, , 2015, I: Nature. 528, 7581, s. 262-266 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Early divergent strains of Yersinia pestis in Eurasia 5,000 years ago
Rasmussen, S., Allentoft, M. E., Nielsen, K., Orlando, L. A. A., Sikora, M., Sjögren, K-G., Pedersen, A. G., Schubert, M., Van Dam, A., Kapel, C. M. O., Nielsen, H. B., Brunak, S., Avetisyan, P., Epimakhov, A., Khalyapin, M. V., Gnuni, A., Kriiska, A., Lasak, I., Metspalu, M., Moiseyev, V. & 11 flere, , 2015, I: Cell. 163, 3, s. 571-582 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Investigation of human cancers for retrovirus by low-stringency target enrichment and high-throughput sequencing
Vinner, Lasse, Mourier, T., Friis-Nielsen, J., Gniadecki, R., Dybkaer, K., Rosenberg, J., Langhoff, J. L., Flores Santa Cruz, D., Fonager, J., Izarzugaza, J. M. G., Gupta, R., Sicheritz-Ponten, T., Brunak, Søren, Willerslev, Eske, Nielsen, L. P. & Hansen, Anders Johannes, 2015, I: Scientific Reports. 5, 13 s., 13201.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel variation and de novo mutation rates in population-wide de novo assembled Danish trios
Besenbacher, S., Liu, S., Gonzalez-Izarzugaza, J. M., Grove, J., Belling, K. G., Bork-Jensen, J., Huang, S., Als, T. D., Li, S., Yadav, R., Rubio García, A., Lescai, F., Demontis, D., Rao, J., Ye, W., Mailund, T., Møllegaard Friborg, R., Pedersen, C. N. S., Xu, R., Sun, J. & 27 flere, , 2015, I: Nature Communications. 6, 9 s., 5969.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Population genomics of bronze age Eurasia
Allentoft, M. E., Sikora, M., Sjogren, K-G., Rasmussen, S., Rasmussen, M., Stenderup, J., Damgaard, P. D. B., Schroeder, H., Ahlstrom, T., Vinner, L., Malaspinas, A. S., Margaryan, A., Higham, T., Chivall, D., Lynnerup, N., Harvig, L. L., Baron, J., Della Casa, P., Dabrowski, P., Duffy, P. R. & 46 flere, , 2015, I: Nature Genetics. 522, 7555, s. 167-172 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
Modules, networks and systems medicine for understanding disease and aiding diagnosis
Gustafsson, M., Nestor, C. E., Zhang, H., Barabási, A., Baranzini, S., Brunak, Søren, Chung, K. F., Federoff, H. J., Gavin, A., Meehan, R. R., Picotti, P., Pujana, M. À., Rajewsky, N., Smith, K. G., Sterk, P. J., Villoslada, P. & Benson, M., okt. 2014, I: Genome Medicine. 6, 10, s. 82Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Patient stratification and identification of adverse event correlations in the space of 1190 drug related adverse events
Roitmann, E., Eriksson, R. & Brunak, Søren, 11 sep. 2014, I: Frontiers in Physiology. 5, 14 s., 332.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Lineage-specific interface proteins match up the cell cycle and differentiation in embryo stem cells
Re, A., Workman, C. T., Waldron, L., Quattrone, A. & Brunak, Søren, 4 aug. 2014, I: Stem Cell Research. 13, 2, s. 316-328 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Temporal disease trajectories condensed from population-wide registry data covering 6.2 million patients
Jensen, A. B., Moseley, P. L., Oprea, T. I., Ellesøe, S. G., Eriksson, R., Schmock, H., Jensen, P. B., Jensen, Lars Juhl & Brunak, Søren, 24 jun. 2014, I: Nature Communications. 5, 10 s., 4022.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Annotation of loci from genome-wide association studies using tissue-specific quantitative interaction proteomics
Lundby, A., Rossin, E. J., Steffensen, A. B., Acha, M. R., Newton-Cheh, C., Pfeufer, A., Lynch, S. N., Olesen, S-P., Brunak, S., Ellinor, P. T., Jukema, J. W., Trompet, S., Ford, I., Macfarlane, P. W., Krijthe, B. P., Hofman, A., Uitterlinden, A. G., Stricker, B. H., Nathoe, H. M., Spiering, W. & 8 flere, , 22 jun. 2014, I: Nature Methods. 11, 8, s. 868-874 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Erratum to: Dose-Specific Adverse Drug Reaction Identification in Electronic Patient Records: Temporal Data Mining in an Inpatient Psychiatric Population
Eriksson, R., Werge, T., Jensen, Lars Juhl & Brunak, Søren, maj 2014, I: Drug Safety. 37, 5, s. 379Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dose-specific adverse drug reaction identification in electronic patient records: temporal data mining in an inpatient psychiatric population
Eriksson, R., Werge, T., Jensen, Lars Juhl & Brunak, Søren, apr. 2014, I: Drug Safety. 37, 4, s. 237-47 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cofactory: Sequence-based prediction of cofactor specificity of Rossmann folds
Geertz-Hansen, H. M., Blom, N., Feist, A., Brunak, Søren & Petersen, T. N., 13 feb. 2014, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 82, 9, s. 1819-1828 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Compass: A hybrid method for clinical and biobank data mining
Krysiak-Baltyn, K., Nordahl Petersen, T., Audouze, K. M. L., Jørgensen, N., Ängquist, Lars & Brunak, Søren, feb. 2014, I: Journal of Biomedical Informatics. 47, s. 160-170Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of biomarkers for glycaemic deterioration before and after the onset of type 2 diabetes: rationale and design of the epidemiological studies within the IMI DIRECT Consortium: Diabetologia
Koivula, R., Heggie, A., Barnett, A., Cederberg, H., Hansen, T. H., Koopman, A., Ridderstråle, M., Rutters, F., Vestergaard, H., Gupta, R., Herrgård, S., Heymans, M., Perry, M., Rauh, S., Siloaho, M., Teare, H. A., Thorand, B., Bell, J., Brunak, S., Frost, G. & 13 flere, , 2014, I: Diabetologia. 57, 6, s. 1-11 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discrepancies in listed adverse drug reactions in pharmaceutical product information supplied by the regulatory authorities in Denmark and the USA
Eriksson, R., Aagaard, L., Jensen, Lars Juhl, Borisova, L., Hørlück, D., Brunak, Søren & Hansen, E. H., 2014, I: Pharmacology Research & Perspectives. 2, 3, s. 1-10 e00038.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of odorant-receptor interactions by global mapping of the human odorome
Audouze, K. M. L., Tromelin, A., Le Bon, A. M., Belloir, C., Petersen, R. K., Kristiansen, Karsten, Brunak, Søren & Taboureau, O., 2014, I: PLOS ONE. 9, 4, s. e93037 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Polychlorinated dibenzo-p-dioxins, furans, and biphenyls (PCDDs/PCDFs and PCBs) in breast milk and early childhood growth and IGF1
Wohlfahrt-Veje, C., Audouze, K., Brunak, Søren, Antignac, J. P., le Bizec, B., Juul, Anders, Skakkebæk, Niels Erik & Main, Katharina Maria, 2014, I: Reproduction. 147, 4, s. 391-399 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
A nondegenerate code of deleterious variants in mendelian Loci contributes to complex disease risk
Blair, D. R., Lyttle, C. S., Mortensen, J. M., Bearden, C. F., Jensen, A. B., Khiabanian, H., Melamed, R., Rabadan, R., Bernstam, E. V., Brunak, Søren, Jensen, Lars Juhl, Nicolae, D., Shah, N. H., Grossman, R. L., Cox, N. J., White, K. P. & Rzhetsky, A., 26 sep. 2013, I: Cell. 155, 1, s. 70-80 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A computational approach to chemical etiologies of diabetes
Audouze, K. M. L., Brunak, Søren & Grandjean, P., 19 sep. 2013, I: Scientific Reports. 3, s. 2712 2712.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Concordance of gene expression in human protein complexes reveals tissue specificity and pathology
Börnigen, D., Pers, T. H., Thorrez, L., Huttenhower, C., Moreau, Y. & Brunak, Søren, 5 aug. 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, 18, s. e171Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Facilitating the use of large-scale biological data and tools in the era of translational bioinformatics
Kouskoumvekaki, I., Shublaq, N. & Brunak, Søren, 1 aug. 2013, I: Briefings in Bioinformatics. 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
MetaRanker 2.0: a web server for prioritization of genetic variation data
Pers, T. H., Dworzynski, P., Thomas, C. E., Hansen, K. L. & Brunak, Søren, 1 jul. 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, W1, s. W104-W108Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of disease causing non-synonymous SNPs by the Artificial Neural Network Predictor NetDiseaseSNP
Johansen, M. B., Izarzugaza, J. M. G., Brunak, Søren, Petersen, T. N. & Gupta, R., jul. 2013, I: P L o S One. 8, 7, s. e68370Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptome profiling of mice testes following low dose irradiation
Belling, K. C., Nielsen, H. B., Brunak, Søren, Tanaka, M., Dalgaard, M. D., Nielsen, J. E., Almstrup, Kristian & Leffers, H., 28 maj 2013, I: Reproductive Biology and Endocrinology. 11, 1, 13 s., 50.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dictionary construction and identification of possible adverse drug events in Danish clinical narrative text
Eriksson, R., Jensen, P. B., Pletscher-Frankild, S., Jensen, Lars Juhl & Brunak, Søren, 23 maj 2013, I: JAMIA - Journal of the American Medical Informatics Association. 20, 5, s. 947-953 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Precision mapping of the human O-GalNAc glycoproteome through SimpleCell technology
Steentoft, C., Vakhrushev, Sergey, Joshi, Hiren Jitendra, Kong, Y., Vester-Christensen, M. B., Schjoldager, Katrine Ter-Borch Gram, Lavrsen, K., Dabelsteen, Sally, Pedersen, N. B., da Silva, L. P. M., Gupta, R., Bennett, Eric Paul, Mandel, Ulla, Brunak, Søren, Wandall, Hans H., Levery, S. B. & Clausen, Henrik, 15 maj 2013, I: E M B O Journal. 32, 10, s. 1478-1488 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Reply to 'Mining electronic health records: An additional perspective'
Jensen, P. B., Jensen, Lars Juhl & Brunak, Søren, 1 jan. 2013, I: Nature Reviews. Genetics. 14, 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt
ChemProt-2.0: visual navigation in a disease chemical biology database
Kim Kjærulff, S., Wich, L., Kringelum, J., Jacobsen, U. P., Kouskoumvekaki, I., Audouze, K., Lund, O., Brunak, Søren, Oprea, T. I. & Taboureau, O., jan. 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, Database issue, s. D464-9Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
Complete genes may pass from food to human blood
Spisák, S., Solymosi, N., Ittzés, P., Bodor, A., Kondor, D., Vattay, G., Barták, B. K., Sipos, F., Galamb, O., Tulassay, Z., Szállási, Z., Rasmussen, Simon, Sicheritz-Ponten, T., Brunak, Søren, Molnár, B. & Csabai, I., 2013, I: PloS one. 8, 7, s. e69805Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Question Answering for Health Professionals and Laypersons
Maegaard, Bente, Hahn, U., Brunak, Søren, Schulz, S., Andersen, U. & Welter, S., 2013, MEDINFO 2013. Lehmann et al., C. U. (red.). København: IMIA and IOS PressPublikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The SH2 domain interaction landscape
Tinti, M., Kiemer, L., Costa, S., Miller, M. L., Sacco, F., Olsen, Jesper Velgaard, Carducci, M., Paoluzi, S., Langone, F., Workman, C., Blom, N., Machida, K., Thompson, C. M., Schutkowski, M., Brunak, Søren, Mann, Matthias, Mayer, B. J., Castagnoli, L. & Cesareni, G., 2013, I: Cell Reports. 3, 4, s. 1293-1305 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
Knowledge engineering for health: a new discipline required to bridge the "ICT gap" between research and healthcare
Beck, T., Gollapudi, S., Brunak, Søren, Graf, N., Lemke, H. U., Dash, D., Buchan, I., Díaz, C., Sanz, F. & Brookes, A. J., maj 2012, I: Human Mutation. 33, 5, s. 797-802 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A genome-wide association study of men with symptoms of testicular dysgenesis syndrome and its network biology interpretation
Dalgaard, M. D., Weinhold, N., Edsgärd, D., Silver, J. D., Pers, T. H., Nielsen, J. E., Jørgensen, N., Juul, A., Gerds, T. A., Giwercman, A., Giwercman, Y. L., Cohn-Cedermark, G., Virtanen, H. E., Toppari, J., Daugaard, G., Jensen, T. S., Brunak, S., Rajpert-De Meyts, E., Skakkebæk, N. E., Leffers, H. & 1 flere, , 2012, I: Journal of Medical Genetics. 49, 1, s. 58-65 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Association between chemical pattern in breast milk and congenital cryptorchidism: modelling of complex human exposures
Krysiak-Baltyn, K., Toppari, J., Skakkebæk, Niels Erik, Jensen, T. S., Virtanen, H. E., Schramm, K., Shen, H., Vartiainen, T., Kiviranta, H., Taboureau, O., Audouze, K. M. L., Brunak, Søren & Main, Katharina Maria, 2012, I: International Journal of Andrology. 35, 3, s. 294-302 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cometin is a novel neurotrophic factor that promotes neurite outgrowth and neuroblast migration in vitro and supports survival of spiral ganglion neurons in vivo
Jørgensen, J. R., Fransson, A., Fjord-Larsen, L., Thompson, L. H., Houchins, J. P., Andrade, N., Torp, M., Kalkkinen, N., Andersson, E., Lindvall, O., Ulfendahl, M., Brunak, Søren, Johansen, T. E. & Wahlberg, L. U., 2012, I: Experimental Neurology. 233, 1, s. 172-81 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic and environmental risk factors in congenital heart disease functionally converge in protein networks driving heart development
Hansen, K. L., Greenway, S. C., Rosenfeld, J. A., Wakimoto, H., Gorham, J. M., Segrè, A. V., Roberts, A. E., Smoot, L. B., Pu, W. T., C Pereira, A., Mesquita, S. M., Tommerup, Niels, Brunak, Søren, Ballif, B. C., Shaffer, L. G., Donahoe, P. K., Daly, M. J., Seidman, J. G., Seidman, C. E. & Larsen, Lars Allan, 2012, I: Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS). 109, 35, s. 14035-40 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mining electronic health records: towards better research applications and clinical care
Jensen, P. B., Jensen, Lars Juhl & Brunak, Søren, 2012, I: Nature Reviews. Genetics. 13, 6, s. 395-405 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction of pH-dependent aqueous solubility of druglike molecules
Hansen, N. T., Kouskoumvekaki, I., Jørgensen, Flemming Steen, Brunak, Søren & Jónsdóttir, S. O., 2012, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 46, 6, s. 2601-2609 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
The cancer exome generated by alternative mRNA splicing dilutes predicted HLA class I epitope density
Stranzl, T., Larsen, M. V., Lund, O., Nielsen, M. & Brunak, Søren, 2012, I: PloS one. 7, 9, s. e38670Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Uncovering the molecular machinery of the human spindle--an integration of wet and dry systems biology
Rojas, A. M., Santamaria, A., Malik, R., Jensen, T. S., Körner, R., Morilla, I., de Juan, D., Krallinger, M., Hansen, D. A., Hoffmann, R., Lees, J., Reid, A., Yeats, C., Wehner, A., Elowe, S., Clegg, A. B., Brunak, S., Nigg, E. A., Orengo, C., Valencia, A. & 1 flere, , 2012, I: P L o S One. 7, 3, s. e31813Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
hERG classification model based on a combination of support vector machine method and GRIND descriptors
Li, Q., Jørgensen, Flemming Steen, Oprea, T., Brunak, Søren & Taboureau, O., 2012, I: Molecular Pharmaceutics. 5, 1, s. 117-127 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
- Udgivet
A systematic study of site-specific GalNAc-type O-glycosylation modulating proprotein convertase processing
Schjoldager, Katrine Ter-Borch Gram, Vester-Christensen, M. B., Goth, C. K., Petersen, T. N., Brunak, Søren, Bennett, Eric Paul, Levery, S. B. & Clausen, Henrik, 18 nov. 2011, I: Journal of Biological Chemistry. 286, 46, s. 40122-32 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cost-effective multiplexing before capture allows screening of 25 000 clinically relevant SNPs in childhood acute lymphoblastic leukemia
Wesolowska, A., Gautier, L., Weinhold, N., Audouze, K. M. L., Brunak, Søren, Sicheritz-Ponten, T., Gupta, R., Dalgaard, M. D., Nielsen, B. F., Leffers, H., Borst, L., Helt, L. R., Nersting, J., Schmiegelow, Kjeld, Bak, M. & Tommerup, Niels, 1 jun. 2011, I: Leukemia. 25, 6, s. 1001-1006 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Meta-analysis of heterogeneous data sources for genome-scale identification of risk genes in complex phenotypes
Pers, T. H., Hansen, N. T., Hansen, K. L., Koefoed, P., Dworzynski, P., Miller, M. L., Flint, T. J., Mellerup, E., Dam, H., Andreassen, O. A., Djurovic, S., Melle, I., Børglum, A. D., Werge, T., Purcell, S., Ferreira, M. A., Kouskoumvekaki, I., Workman, C., Hansen, T., Mors, O. & 1 flere, , 11 apr. 2011, I: Genetic Epidemiology. 35, 5, s. 318-332 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Many putative endocrine disruptors inhibit prostaglandin synthesis
Kristensen, D. M., Skalkam, M. L., Audouze, K. M. L., Lesné, L., Desdoits-Lethimonier, C., Frederiksen, H., Brunak, Søren, Skakkebæk, Niels Erik, Jégou, B., Hansen, Jacob B., Junker, S. & Leffers, H., 1 apr. 2011, I: Environmental Health Perspectives. 119, 4, s. 534-41 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bioinformatics-driven identification and examination of candidate genes for non-alcoholic fatty liver disease
Banasik, Karina, Justesen, Johanne Marie, Hornbak, M., Krarup, N. T., Gjesing, A. P., Sandholt, C. H., Søndergaard Jensen, T., Grarup, Niels, Andersson, Åsa, Jørgensen, T., Witte, D. R., Sandbæk, A., Lauritzen, T., Thorens, B., Brunak, Søren, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye & Hansen, Torben, 1 jan. 2011, I: P L o S One. 6, 1, s. e16542Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia
Rasmussen, M., Guo, X., Wang, Y., Lohmueller, K. E., Rasmussen, S., Albrechtsen, A., Skotte, L., Lindgreen, S., Metspalu, M., Jombart, T., Kivisild, T., Zhai, W., Eriksson, A., Manica, A., Orlando, L., De La Vega, F. M., Tridico, S., Metspalu, E., Nielsen, K., Avila Arcos, M. D. C. & 38 flere, , 2011, I: Science. 334, 6052, s. 94-98 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ChemProt: a disease chemical biology database
Taboureau, O., Nielsen, S. K., Audouze, K. M. L., Weinhold, N., Edsgärd, D., Roque, F. S., Kouskoumvekaki, I., Bora, A., Curpan, R., Jensen, T. S., Brunak, Søren & Oprea, T., 2011, I: Nucleic Acids Research. 39, Database issue, s. D367-72Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Consistent metagenes from cancer expression profiles yield agent specific predictors of chemotherapy response
Li, Q., Eklund, A. C., Birkbak, N. J., Desmedt, C., Haibe-Kains, B., Sotiriou, C., Symmans, W. F., Pusztai, L., Brunak, Søren, Richardson, A. L. & Szallasi, Z. I., 2011, I: B M C Bioinformatics. 12, s. 310Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enterotypes of the human gut microbiome: [Plus]Corrigendum [Plus]Addendum
Arumugam, M., Raes, J., Pelletier, E., Le Paslier, D., Yamada, T., Mende, D. R., Fernandes, G. R., Tap, J., Bruls, T., Batto, J-M., dos Santos, M. B. Q., Borruel, N., Casellas, F., Fernandez, L., Gautier, L., Hansen, T., Hattori, M., Hayashi, T., Kleerebezem, M., Kurokawa, K. & 31 flere, , 2011, I: Nature. 473, 7346, s. 174-180 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Huntingtin-interacting protein 14 is a type 1 diabetes candidate protein regulating insulin secretion and beta-cell apoptosis
Berchtold, L. A., Størling, Z. M., Ortis, F., Lage, K., Bang-Berthelsen, C., Bergholdt, R., Hald, J., Brorsson, C. A., Eizirik, D. L., Pociot, Flemming, Brunak, Søren & Størling, Joachim, 2011, I: PNAS Early Edition. 108, 37, s. E681-8Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Intrauterine exposure to mild analgesics is a risk factor for development of male reproductive disorders in human and rat
Kristensen, D. M., Hass, U., Lesné, L., Lottrup, G., Jacobsen, P. R., Desdoits-Lethimonier, C., Boberg, J., Petersen, Jørgen Holm, Toppari, J., Jensen, T. K., Brunak, Søren, Skakkebæk, Niels Erik, Nellemann, C., Main, Katharina Maria, Jégou, B. & Leffers, H., 2011, I: Human Reproduction. 26, 1, s. 235-44 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein interaction-based genome-wide analysis of incident coronary heart disease
Jensen, Majken Karoline, Pers, Tune H, Dworzynski, P., Girman, C. J., Brunak, Søren & Rimm, E. B., 2011, I: Circulation: Cardiovascular Genetics. 4, 5, s. 549-56 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions
Petersen, T. N., Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 2011, I: Nature Methods. 8, 10, s. 785-6 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
The strength of intron donor splice sites in human genes displays a bell-shaped pattern
Wang, K., Wernersson, R. & Brunak, Søren, 2011, I: Bioinformatics (Online). 27, 22, s. 3079-84 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Using electronic patient records to discover disease correlations and stratify patient cohorts
Roque, F. S., Jensen, P. B., Schmock, H., Dalgaard, M., Andreatta, M., Hansen, T., Søeby, K., Bredkjær, S., Juul, Anders, Werge, Thomas, Jensen, Lars Juhl & Brunak, Søren, 2011, I: P L o S Computational Biology. 7, 8, s. e1002141 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
- Udgivet
OCT4 and downstream factors are expressed in human somatic urogenital epithelia and in culture of epididymal spheres
Kristensen, D. M., Nielsen, J. E., Kalisz, M., Dalgaard, M. D., Audouze, K., Larsen, M. E., Jacobsen, G. K., Horn, T., Brunak, S., Skakkebaek, N. E., Leffers, H., Kristensen, D. M., Nielsen, J. E., Kalisz, M., Dalgaard, M. D., Audouze, K. M. L., Larsen, M. E., Jacobsen, G. K., Horn, T., Brunak, S. & 2 flere, , 1 nov. 2010, I: Molecular Human Reproduction. 16, 11, s. 835-45 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein annotation in the era of personal genomics
Blicher, T., Gupta, R., Wesolowska, A., Jensen, Lars Juhl & Brunak, Søren, 1 jun. 2010, I: Current Opinion in Structural Biology. 20, 3, s. 335-41 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Country-specific chemical signatures of persistent environmental compounds in breast milk
Krysiak-Baltyn, K., Toppari, J., Skakkebaek, N. E., Jensen, T. S., Virtanen, H. E., Schramm, K-W., Shen, H., Vartiainen, T., Kiviranta, H., Taboureau, O., Brunak, S., Main, K. M., Krysiak-Baltyn, K., Toppari, J., Skakkebaek, N. E., Jensen, T. S., Virtanen, H. E., Schramm, K-W., Shen, H., Vartiainen, T. & 4 flere, , 1 apr. 2010, I: International Journal of Andrology. 33, 2, s. 270-8 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ancient human genome sequence of an extinct Palaeo-Eskimo
Rasmussen, M., Li, Y., Lindgreen, S., Pedersen, J. S., Albrechtsen, A., Moltke, I., Metspalu, M., Metspalu, E., Kivisild, T., Gupta, R., Bertalan, M., Nielsen, K., Gilbert, T., Wang, Y., Raghavan, M., Campos, P., Kamp, H. L. M., Wilson, A. S., Gledhill, A., Tridico, S. & 32 flere, , 11 feb. 2010, I: Nature. 463, 7282, s. 757-762 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing
MetaHIT Consortium, M. C., 2010, I: Nature. 464, 7285, s. 59-65 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cyclebase.org: version 2.0, an updated comprehensive, multi-species repository of cell cycle experiments and derived analysis results
Gauthier, N. P., Jensen, Lars Juhl, Wernersson, R., Brunak, Søren & Jensen, T. S., 2010, I: Nucleic Acids Research. 38, Database issue, s. D699-702Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dissecting spatio-temporal protein networks driving human heart development and related disorders
Hansen, K. L., Møllgård, K., Greenway, S., Wakimoto, H., Gorham, J. M., Workman, C. T., Bendsen, E., Hansen, N. T., Rigina, O., Roque, F. S., Wiese, C., Christoffels, V. M., Roberts, A. E., Smoot, L. B., Pu, W. T., Donahoe, P. K., Tommerup, N., Brunak, S., Seidman, C. E., Seidman, J. G. & 1 flere, , 2010, I: Molecular Systems Biology. 6, s. 381Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative phosphoproteomics reveals widespread full phosphorylation site occupancy during mitosis
Olsen, Jesper Velgaard, Vermeulen, M., Santamaria, A., Kumar, C., Miller, M. L., Jensen, Lars Juhl, Gnad, F., Cox, J., Jensen, T. S., Nigg, E. A., Brunak, Søren & Mann, Matthias, 2010, I: Science Signaling. 3, 104, s. ra3 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2009
- Udgivet
Analysis of gene expression profiles of microdissected cell populations indicates that testicular carcinoma in situ is an arrested gonocyte
Sonne, Si Brask, Almstrup, Kristian, Dalgaard, M., Juncker, A. S., Edsgard, D., Ruban, L., Harrison, N. J., Schwager, C., Abdollahi, A., Huber, P. E., Brunak, Søren, Gjerdrum, L. M., Moore, H. D., Andrews, P. W., Skakkebæk, Niels Erik, Rajpert-De Meyts, E. & Leffers, H., 15 jun. 2009, I: Current Cancer Research. 69, 12, s. 5241-50 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning
- Udgivet
Identification of T1D susceptibility genes within the MHC region by combining protein interaction networks and SNP genotyping data
Brorsson, C., Hansen, N. T., Lage, K., Bergholdt, R., Brunak, Søren, Pociot, Flemming & Diabetes Genetics Consortium, D. G. C., feb. 2009, I: Diabetes, Obesity and Metabolism Online. 11, SUPPL. 1, s. 60-6 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Expression profiling of human genetic and protein interaction networks in type 1 diabetes
Brorsson, C., Lage, K., Nielsen, J. H., Brunak, Søren & Pociot, F., 2009, I: PLoS ONE. 4, 7, s. e6250Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ImmunoGrid, an integrative environment for large-scale simulation of the immune system for vaccine discovery, design and optimization
Pappalardo, F., Halling-Brown, M. D., Rapin, N., Zhang, P., Alemani, D., Emerson, A., Paci, P., Duroux, L. P., Pennisi, M., Palladini, A., Miotto, O., Churchill, D., Rossi, E., Shepherd, A. J., Moss, D. S., Castiglione, F., Bernaschi, M., Lefranc, M-P., Brunak, S., Motta, S. & 3 flere, , 2009, I: Briefings in Bioinformatics. 10, 3, s. 330-40 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The type 2 diabetes associated minor allele of rs2237895 KCNQ1 associates with reduced insulin release following an oral glucose load
Holmkvist, J., Banasik, K., Andersen, G., Unoki, H., Jensen, T. S., Pisinger, C., Borch-Johnsen, K., Sandbaek, A., Lauritzen, T., Brunak, Søren, Maeda, S., Hansen, T. & Pedersen, Oluf Borbye, 2009, I: PLoS ONE. 4, 6, s. e5872Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2008
- Udgivet
A large-scale analysis of tissue-specific pathology and gene expression of human disease genes and complexes
Hansen, K. L., Hansen, N. T., Karlberg, E. O., Eklund, A. C., Roque, F. S., Donahoe, P. K., Szallasi, Z., Jensen, T. S. & Brunak, Søren, 2008, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 52, s. 20870-5 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Alternative splicing in colon, bladder, and prostate cancer identified by exon array analysis
Thorsen, K., Sørensen, K., Brems-Eskildsen, A. S., Modin, C., Gaustadnes, M., Hein, A. K., Brunak, Søren, Kruhøffer, M., Laurberg, S., Borre, M. S., Wang, K., Krainer, A. R., Tørring, N., Dyrskjøt, L., Andersen, C. & Orntoft, T. F., 2008, I: Molecular & Cellular Proteomics. 7, 7, s. 1214-24 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Analysis and prediction of gene splice sites in four Aspergillus genomes
Wang, K., Ussery, D. W. & Brunak, Søren, 2008, I: Fungal Genetics and Biology. 46 Suppl 1, s. S14-8Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Circular reasoning rather than cyclic expression
Jensen, Lars Juhl, de Lichtenberg, U., Jensen, T. S., Brunak, Søren & Bork, P., 2008, I: Genome Biology. 9, 6, s. 403Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Integration of clinical chemistry, expression, and metabolite data leads to better toxicological class separation
Spicker, J., Brunak, Søren, Frederiksen, K. & Toft, H., 2008, I: Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology. 102, 2, s. 444-54 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Linear motif atlas for phosphorylation-dependent signaling
Miller, M. L., Jensen, L. J., Diella, F., Jørgensen, C., Tinti, M., Li, L., Hsiung, M., Parker, S. A., Bordeaux, J., Sicheritz-Ponten, T., Olhovsky, M., Pasculescu, A., Alexander, J., Knapp, S., Blom, N., Bork, P., Li, S., Cesareni, G., Pawson, T., Turk, B. E. & 3 flere, , 2008, I: Science Signaling. 1, 35, s. ra2Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Report on EU-USA workshop: how systems biology can advance cancer research (27 October 2008)
Aebersold, R., Auffray, C., Baney, E., Barillot, E., Brazma, A., Brett, C., Brunak, S., Butte, A., Califano, A., Celis, J., Cufer, T., Ferrell, J., Galas, D., Gallahan, D., Gatenby, R., Goldbeter, A., Hace, N., Henney, A., Hood, L., Iyengar, R. & 28 flere, , 2008, I: Molecular Oncology. 3, 1, s. 9-17 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2007
Analysis of cell death inducing compounds
Spicker, J., Pedersen, H. T., Brunak, Søren & Nielsen, H. B., 2007, I: Archives of Toxicology. 81, 11, s. 803-11 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Evolution of cell cycle control: same molecular machines, different regulation
de Lichtenberg, U., Jensen, T. S., Brunak, Søren, Bork, P. & Jensen, L. J., 2007, I: Cell Cycle. 6, 15, s. 1819-25 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Integrative analysis for finding genes and networks involved in diabetes and other complex diseases
Bergholdt, R., Størling, Z. M., Lage, K., Karlberg, E. O., Olason, P. I., Aalund, M., Nerup, J., Brunak, Søren, Workman, C. & Pociot, Flemming, 2007, I: Genome Biology (Online Edition). 8, 11, s. R253Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Locating proteins in the cell using TargetP, SignalP and related tools
Emanuelsson, O., Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, Henrik, 2007, I: Nature Protocols (Online). 2, 4, s. 953-71 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Modeling the adaptive immune system: predictions and simulations
Lundegaard, C., Lund, O., Kesmir, C., Brunak, Søren & Nielsen, M., 2007, I: Bioinformatics (Online). 23, 24, s. 3265-75 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Gorodkin, J., Cirera, S., Hedegaard, J., Gilchrist, M. J., Panitz, F., Jørgensen, C., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T., Nielsen, B., Havgaard, J. H., Rosenkilde, C., Wang, J., Li, H., Li, R., Liu, B., Hu, S., Dong, W. & 16 flere, , 2007, I: Genome Biology. 8, R45, s. R45 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SNP mining porcine ESTs with MAVIANT, a novel tool for SNP evaluation and annotation
Panitz, F., Stengaard, H., Hornshøj, H., Gorodkin, J., Hedegaard, J., Cirera, S., Thomsen, B. S., Madsen, L. B., Høj, A., Vingborg, R., Zahn, B., Wang, X., Wang, X., Wernersson, R., Jørgensen, C. B., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T. & 5 flere, , 2007, I: Bioinformatics. 23, 13, s. i387-91 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
The implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement
Tress, M. L., Martelli, P. L., Frankish, A., Reeves, G. A., Wesselink, J. J., Yeats, C., Olason, P. I., Albrecht, M., Hegyi, H., Giorgetti, A., Raimondo, D., Lagarde, J., Laskowski, R. A., López, G., Sadowski, M. I., Watson, J. D., Fariselli, P., Rossi, I., Nagy, A., Kai, W. & 26 flere, , 2007, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104, 13, s. 5495-500 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2006
Co-evolution of transcriptional and post-translational cell-cycle regulation
Jensen, L. J., Jensen, T. S., de Lichtenberg, U., Brunak, Søren & Bork, P., 2006, I: Nature Study. 443, 7111, s. 594-7 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Growth-rate regulated genes have profound impact on interpretation of transcriptome profiling in Saccharomyces cerevisiae
Regenberg, Birgitte, Grotkjaer, T., Winther, Ole, Fausbøll, A., Akesson, M., Bro, C., Hansen, L. K., Brunak, Søren & Nielsen, Jens Bo, 2006, I: Genome Biology (Online Edition). 7, 11, s. R107Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Modelling the human immune system by combining bioinformatics and systems biology approaches
Rapin, N., Kesmir, C., Frankild, S., Nielsen, M., Lundegaard, C., Brunak, Søren & Lund, O., 2006, I: Journal of Biological Physics. 32, 3-4, s. 335-53 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2005
Comparison of computational methods for the identification of cell cycle-regulated genes
de Lichtenberg, U., Jensen, L. J., Fausbøll, A., Jensen, T. S., Bork, P. & Brunak, Søren, 2005, I: Bioinformatics. 21, 7, s. 1164-71 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Dynamic complex formation during the yeast cell cycle
de Lichtenberg, U., Jensen, L. J., Brunak, Søren & Bork, P., 2005, I: Science (New York, N.Y.). 307, 5710, s. 724-7 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prediction methods and databases within chemoinformatics: emphasis on drugs and drug candidates
Jónsdóttir, S. O., Jørgensen, Flemming Steen & Brunak, Søren, 2005, I: Bioinformatics. 21, 10, s. 2145-60 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2003
Functionality of system components: conservation of protein function in protein feature space
Jensen, L. J., Ussery, D. & Brunak, Søren, 2003, I: Genome Research. 13, 11, s. 2444-9 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Protein feature based identification of cell cycle regulated proteins in yeast
de Lichtenberg, U., Jensen, T. S., Jensen, L. J. & Brunak, Søren, 2003, I: Journal of Molecular Biology. 329, 4, s. 663-74 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2002
The atlas visualisation of genome-wide information
Skovgaard, M., Jensen, L. J., Friis, C., Stærfeldt, H. H., Worning, P., Brunak, Søren & Ussery, D. W., 2002, Methods in Microbiology. Bind 33. s. 49-63Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- 2001
- Udgivet
On the total number of genes and their length distribution in complete microbial genomes
Skovgaard, M., Jensen, Lars Juhl, Brunak, Søren, Ussery, D. & Krogh, Anders, 2001, I: Trends in Genetics. 17, 8, s. 425-8 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2000
A DNA structural atlas for Escherichia coli
Pedersen, A. G., Jensen, L. J., Brunak, Søren, Staerfeldt, H. H. & Ussery, D., 2000, I: Journal of Molecular Biology. 299, 4, s. 907-30 24 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 12895347
Flest downloads
-
2931
downloads
Identification of odorant-receptor interactions by global mapping of the human odorome
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
2867
downloads
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1245
downloads
A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet