Søren Brunak

Søren Brunak

Professor


  1. 2022
  2. Udgivet

    A genome-wide meta-analysis identifies 50 genetic loci associated with carpal tunnel syndrome

    Skuladottir, A. T., Bjornsdottir, G., Ferkingstad, E., Einarsson, G., Stefansdottir, L., Nawaz, M. S., Oddsson, A., Olafsdottir, T. A., Saevarsdottir, S., Walters, G. B., Magnusson, S. H., Bjornsdottir, A., Sveinsson, O. A., Vikingsson, A., Hansen, T. F., Jacobsen, R. L., Erikstrup, C., Schwinn, M., Brunak, S., Banasik, K. & 11 flere, Ostrowski, Sisse Rye, Troelsen, Anders, Henkel, C., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Sulem, P., Thorgeirsson, T. E., Stefansson, H., Stefansson, K. & DBDS Genetic Consortium, D. G. C., 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 9 s., 1598.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Cholesterol not particle concentration mediates the atherogenic risk conferred by apolipoprotein B particles - A Mendelian randomization analysis

    Helgadottir, A., Thorleifsson, G., Snaebjarnarson, A., Stefansdottir, L., Sveinbjornsson, G., Tragante, V., Björnsson, E., Steinthorsdottir, V., Gretarsdottir, S., Helgason, H., Saemundsdottir, J., Olafsson, I., Thune, J. J., Axelsson Raja, A., Ghouse, J., Olesen, M. S., Christensen, A., Jacobsen, R. L., Dowsett, J., Bruun, M. T. & 18 flere, Nielsen, K., Knowlton, K., Nadauld, L., Benediktsson, R., Erikstrup, C., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Banasik, Karina, Brunak, Søren, Bundgård, Henning, Ostrowski, Sisse Rye, Sulem, P., Arnar, D. O., Thorgeirsson, G., Thorsteinsdottir, U., Gudbjartsson, D. F., Stefansson, K., Holm, H. & DBDS Genomic Consortium, D. G. C., 2022, I: European Journal of Preventive Cardiology. 29, 18, s. 2374–2385

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Classification of Left and Right Coronary Arteries in Coronary Angiographies Using Deep Learning

    Eschen, Christian Kim, Banasik, Karina, Christensen, Alex Hørby, Chmura, Piotr Jaroslaw, Pedersen, F., Køber, Lars Valeur, Engstrøm, Thomas, Dahl, A. B., Brunak, Søren & Bundgård, Henning, 2022, I: Electronics (Switzerland). 11, 13, 9 s., 2087.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Clinical, genetic, and experimental increase in soluble urokinase plasminogen activator receptor levels promotes atherosclerosis

    Hindy, G., Tyrrell, D. J., Vasbinder, A., Wei, C., Presswalla, F., Wang, H., Blakely, P. K., Ozel, A. B., Graham, S. E., Holton, G. H., Dowsett, J., Fahed, A. C., Amadi, K-M., Erne, G. K., Tekumulla, A., Ismail, A., Launius, C., Sotoodehnia, N., Pankow, J. S., Thørner, L. W. & 22 flere, Erikstrup, C., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Banasik, Karina, Brunak, Søren, Ullum, H., Eugen-Olsen, J., Ostrowski, Sisse Rye, Haas, M. E., Nielsen, J. B., Lotta, L. A., Engström, G., Melander, O., Orho-Melander, M., Zhao, L., Murthy, V. L., Pinsky, D. J., Willer, C. J., Heckbert, S. R., Reiser, J., Goldstein, D. R., Desch, K. C. & Hayek, S. S., 2022, I: Journal of Clinical Investigation. 132, 24, 14 s., e158788.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Cross-tissue transcriptome-wide association studies identify susceptibility genes shared between schizophrenia and inflammatory bowel disease

    Uellendahl-Werth, F., Maj, C., Borisov, O., Juzenas, S., Wacker, E. M., Jorgensen, I. F., Steiert, T. A., Bej, S., Krawitz, P., Hoffmann, P., Schramm, C., Wolkenhauer, O., Banasik, K., Brunak, S., Schreiber, S., Karlsen, T. H., Degenhardt, F., Noethen, M., Franke, A., Folseraas, T. & 1 flere, Ellinghaus, D., 2022, I: Communications Biology. 5, 15 s., 80.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Detailed stratified GWAS analysis for severe COVID-19 in four European populations

    Degenhardt, F., Ellinghaus, D., Juzenas, S., Lerga-Jaso, J., Wendorff, M., Maya-Miles, D., Uellendahl-Werth, F., ElAbd, H., Rühlemann, M. C., Arora, J., Özer, O., Lenning, O. B., Myhre, R., Vadla, M. S., Wacker, E. M., Wienbrandt, L., Ortiz, A. B., Salazar, A., Chercoles, A. G., Palom, A. & 31 flere, Ruiz, A., Garcia-Fernandez, A., Blanco-Grau, A., Mantovani, A., Zanella, A., Holten, A. R., Mayer, A., Bandera, A., Cherubini, A., Protti, A., Aghemo, A., Gerussi, A., Ramirez, A., Braun, A., Nebel, A., Barreira, A., Lleo, A., Teles, A., Kildal, A. B., Biondi, A., Caballero-Garralda, A., Ganna, A., Gori, A., Glück, A., Lind, A., Hinney, A., Jensen, B., Banasik, Karina, Castro, P., Brunak, Søren & COVICAT study group, Aachen Study (COVAS), C. S. G. A. S. (., 2022, I: Human Molecular Genetics. 31, 23, s. 3945-3966 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet
  9. Udgivet

    Discrete-time survival analysis in the critically ill: a deep learning approach using heterogeneous data

    Thorsen-Meyer, H., Placido, Davide, Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Nielsen, A. P., Lange, Theis, Nielsen, A. B., Toft, P., Schierbeck, J., Strøm, T., Chmura, Piotr Jaroslaw, Heimann, M., Belling, K., Perner, Anders & Brunak, Søren, 2022, I: npj Digital Medicine. 5, 10 s., 142.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Drug interactions in hospital prescriptions in Denmark: Prevalence and associations with adverse outcomes

    Rodríguez, C. L., Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Eriksson, R., Biel, J. H., Belling, K. G., Andersen, Stig Ejdrup & Brunak, Søren, 2022, I: Pharmacoepidemiology and Drug Safety. 31, 6, s. 632-642 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Eliciting drug safety signals from patient records: a language-agnostic approach

    Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Placido, Davide, Rodriguez, C., Thorsen-Meyer, H., Gentile, S., Nielsen, A., Brunak, Søren, Jürgens, Gesche & Andersen, S., 2022, s. S15-S16. 2 s.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Established risk loci for systemic lupus erythematosus at NCF2, STAT4, TNPO3, IRF5 and ITGAM associate with distinct clinical manifestations: A Danish genome-wide association study

    DBDS Genomic Consortium, D. G. C., 2022, I: Joint Bone Spine. 89, 4, 105357.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet
  14. Udgivet

    Four groups of type 2 diabetes contribute to the etiological and clinical heterogeneity in newly diagnosed individuals: An IMI DIRECT study

    Wesolowska-Andersen, A., Brorsson, C. A., Bizzotto, R., Mari, A., Tura, A., Koivula, R., Mahajan, A., Vinuela, A., Tajes, J. F., Sharma, S., Haid, M., Prehn, C., Artati, A., Hong, M. G., Musholt, P. B., Kurbasic, A., Masi, F. D., Tsirigos, K., Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V. & 31 flere, Thomas, Cecilia Engel, Banasik, Karina, Jennison, C., Jones, A., Kennedy, G., Bell, J., Thomas, L., Frost, G., Thomsen, H., Allin, K., Hansen, T. H., drb459, drb459, Hansen, Torben, Rutters, F., Elders, P., t'Hart, L., Bonnefond, A., Canouil, M., Brage, S., Kokkola, T., Heggie, A., McEvoy, D., Hattersley, A., McDonald, T., Teare, H., Ridderstrale, M., Walker, M., Forgie, I., Pedersen, Oluf Borbye, Brunak, Søren & IMI-DIRECT consortium, I. C., 2022, I: Cell Reports Medicine. 3, 1, 25 s., 100477.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Genetic Variants Close to TTN, NKX2-5, and MYH6 Associate With AVNRT

    Andreasen, L., Ahlberg, G., Ægisdóttir, H. M., Sveinbjörnsson, G., Lundegaard, P. R., Hartmann, J. P., Paludan-Müller, C., Hadji-Turdeghal, K., Ghouse, J., Pehrson, S., Jensen, H. K., Riahi, S., Hansen, J., Sandgaard, N., Sørensen, E., Banasik, K., Sækmose, S. G., Bruun, M. T., Hjalgrim, H., Erikstrup, C. & 18 flere, Pedersen, Ole Birger Vesterager, Wittig, M., Haunsø, Stig, Ostrowski, Sisse Rye, Genomic Consortium, D., Franke, A., Brunak, Søren, Kanters, Jørgen K., Ellervik, Christina, Bundgård, Henning, Ullum, H., Gudbjartsson, D. F., Thorsteinsdottir, U., Holm, H., Arnar, D. O., Stefansson, K., Svendsen, Jesper Hastrup & Olesen, Morten Steen Salling, 2022, I: Circulation Research. 131, 10, s. 862-865

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Global priorities for large-scale biomarker-based prospective cohorts

    Collins, R., Balaconis, M. K., Brunak, Søren, Chen, Z., De Silva, M., Gaziano, J. M., Ginsburg, G. S., Jha, P., Kuri, P., Metspalu, A., Mulder, N. & Risch, N., 2022, I: Cell Genomics. 2, 6, 4 s., 100141.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskning

  17. Udgivet

    Intervening on the Storage Time of RBC Units and its Effects on Adverse Recipient Outcomes using Real-World Data

    Bruun-Rasmussen, P., Andersen, Per Kragh, Banasik, Karina, Brunak, Søren & Jo­hans­son, Pär In­ge­mar , 2022, I: Blood. 139, 25, s. 3647–3654

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Language-agnostic pharmacovigilant text mining to elicit side effects from clinical notes and hospital medication records

    Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Placido, Davide, Rodríguez, C. L., Thorsen-Meyer, H., Gentile, S., Nielsen, A. P., Brunak, Søren, Jürgens, Gesche & Andersen, Stig Ejdrup, 2022, I: Basic & clinical pharmacology & toxicology. 131, 4, s. 282-293 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Language-agnostic pharmacovigilant text mining to elicit side effects from clinical notes and hospital medication records

    Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Placido, Davide, Rodrìguez, C. L., Thorsen-Meyer, H., Gentile, S., Nielsen, A. P., Brunak, Søren, Jürgens, Gesche & Andersen, Stig Ejdrup, 2022, Authorea, (Authorea Preprints).

    Publikation: Working paperPreprint

  20. Udgivet

    Machine Learning to Identify Patients at Risk of Inappropriate Dosing for Renal Risk Medications: A Critical Comment on Kaas-Hansen et al [Response to Letter]

    Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Leal Rodríguez, C., Placido, Davide, Thorsen-Meyer, H., Nielsen, A. P., Dérian, N., Brunak, Søren & Andersen, Stig Ejdrup, 2022, I: Clinical Epidemiology. 14, s. 765-766 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskning

  21. Udgivet

    Modeling of waning immunity after SARS-CoV-2 vaccination and influencing factors

    Pérez-Alós, L., Armenteros, J. J. A., Madsen, J. R., Hansen, C. B., Jarlhelt, I., Hamm, S. R., Heftdal, L. D., Pries-Heje, M. M., Møller, D. L., Fogh, K., Hasselbalch, R. B., Rosbjerg, A., Brunak, S., Sørensen, E., Larsen, M. A. H., Ostrowski, S. R., Frikke-Schmidt, R., Bayarri-Olmos, R., Hilsted, L. M., Iversen, K. K. & 3 flere, Bundgård, Henning, Nielsen, Susanne Dam & Garred, Peter, 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 11 s., 1614.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Multiomics analysis of rheumatoid arthritis yields sequence variants that have large effects on risk of the seropositive subset

    Saevarsdottir, S., Stefansdottir, L., Sulem, P., Thorleifsson, G., Ferkingstad, E., Rutsdottir, G., Glintborg, B., Westerlind, H., Grondal, G., Loft, I. C., Sorensen, S. B., Lie, B. A., Brink, M., Ärlestig, L., Arnthorsson, A. O., Baecklund, E., Banasik, K., Bank, S., Bjorkman, L. I., Ellingsen, T. & 31 flere, Erikstrup, C., Frei, O., Gjertsson, I., Gudbjartsson, D. F., Gudjonsson, S. A., Halldorsson, G. H., Hendricks, O., Hillert, J., Høgdall, Estrid Vilma Solyom, Jacobsen, Søren, Jensen, D. V., Jonsson, H., Kastbom, A., Kockum, I., Kristensen, S., Kristjansdottir, H., Larsen, M. H., Linauskas, A., Hauge, E., Loft, A. G., Ludviksson, B. R., Lund, S. H., Ostrowski, Sisse Rye, Sørensen, E., Sørensen, I. J., Brunak, Søren, Andersen, V., Hetland, Merete Lund, Askling, J., Pedersen, Ole Birger Vesterager & Members of the DBDS Genomic Consortium, M. O. T. D. G. C., 2022, I: Annals of the Rheumatic Diseases. 81, 8, s. 1085-1095

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Polygenic risk score for ACE-inhibitor-associated cough based on the discovery of new genetic loci

    Ghouse, J., Tragante, V., Muhammad, A., Ahlberg, G., Skov, M. W., Roden, D. M., Jonsdottir, I., Andreasen, L., Lundegaard, P. R., Trudsø, L. C., Banasik, K., Brunak, S., Ostrowski, S. R., Torp-Pedersen, C., Pedersen, O. V., Sørensen, E., Køber, L., Iversen, K., Thorsteinsdottir, U., Thorgeirsson, G. & 8 flere, Ullum, H., Gudbjartsson, D. F., Mosley, J. D., Holm, H., Stefansson, K., Bundgård, Henning, Olesen, Morten Steen Salling & eMERGE consortium, E. C., 2022, I: European Heart Journal. 43, 45, s. 4707–4718

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Randomized Phase II Study of Nivolumab with or Without Ipilimumab Combined with Stereotactic Body Radiotherapy for Refractory Metastatic Pancreatic Cancer (CheckPAC)

    Chen, I. M., Johansen, Julia Sidenius, Theile, S., Hjaltelin, Jessica Xin, Novitski, Sif Ingibergsdóttir, Brunak, Søren, Hasselby, Jane Preuss, Willemoe, G. L., Lorentzen, T., Madsen, K., Jensen, B. V., Wilken, E. E., Geertsen, P., Behrens, C., Nolsøe, Christian, Hermann, K. L., Svane, Inge Marie & Nielsen, Dorte Lisbet, 2022, I: Journal of Clinical Oncology. 40, 27, s. 3180-3189

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Rare SLC13A1 variants associate with intervertebral disc disorder highlighting role of sulfate in disc pathology

    Bjornsdottir, G., Stefansdottir, L., Thorleifsson, G., Sulem, P., Norland, K., Ferkingstad, E., Oddsson, A., Zink, F., Lund, S. H., Nawaz, M. S., Bragi Walters, G., Skuladottir, A. T., Gudjonsson, S. A., Einarsson, G., Halldorsson, G. H., Bjarnadottir, V., Sveinbjornsson, G., Helgadottir, A., Styrkarsdottir, U., Gudmundsson, L. J. & 26 flere, Pedersen, Ole Birger Vesterager, Hansen, Thomas Folkmann, Werge, Thomas, Banasik, Karina, Troelsen, Anders, Skou, S. T., Thørner, L. W., Erikstrup, C., Nielsen, K. R., Mikkelsen, S., Jonsdottir, I., Bjornsson, A., Olafsson, I. H., Ulfarsson, E., Blondal, J., Vikingsson, A., Brunak, Søren, Ostrowski, Sisse Rye, Ullum, H., Thorsteinsdottir, U., Stefansson, H., Gudbjartsson, D. F., Thorgeirsson, T. E., Stefansson, K., DBDS Genetic Consortium, D. G. C. & GO Consortium, G. C., 2022, I: Nature Communications. 13, 13 s., 634.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Reduced vitamin D-induced cathelicidin production and killing of Mycobacterium tuberculosis in macrophages from a patient with a non-functional vitamin D receptor: A case report

    Al-Jaberi, F. A. H., Crone, C. G., Lindenstrøm, T., Arildsen, Nicolai Skovbjerg, Lindeløv, E. S., Aagaard, L., Gravesen, E., Mortensen, R., Andersen, A. B., Ølgaard, Klaus, Hjaltelin, Jessica Xin, Brunak, Søren, Bonefeld, Charlotte Menne, Kongsbak-Wismann, Martin & Geisler, Carsten, 2022, I: Frontiers in Immunology. 13, 9 s., 1038960.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Reply to: Immortal time bias in the analysis of drug prescription trajectories

    Mortensen, Laust Hvas & Brunak, Søren, 2022, I: npj Digital Medicine. 5, 1, 1 s., 191.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    SignalP 6.0 predicts all five types of signal peptides using protein language models

    Teufel, Felix Georg, Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Gíslason, M. H., Pihl, S. I., Tsirigos, Konstantinos, Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 2022, I: Nature Biotechnology. 40, s. 1023-1025

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskning

  29. Udgivet

    Temporal patterns of multi-morbidity in 570157 ischemic heart disease patients: a nationwide cohort study

    Haue, Amalie Dahl, Armenteros, J. J. A., Holm, Peter Christoffer, Eriksson, R., Moseley, P. L., Køber, Lars Valeur, Bundgård, Henning & Brunak, Søren, 2022, I: Cardiovascular Diabetology. 21, 13 s., 87.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    The sequences of 150,119 genomes in the UK Biobank

    Halldorsson, B. V., Eggertsson, H. P., Moore, K. H. S., Hauswedell, H., Eiriksson, O., Ulfarsson, M. O., Palsson, G., Hardarson, M. T., Oddsson, A., Jensson, B. O., Kristmundsdottir, S., Sigurpalsdottir, B. D., Stefansson, O. A., Beyter, D., Holley, G., Tragante, V., Gylfason, A., Olason, P. I., Zink, F., Asgeirsdottir, M. & 27 flere, Sverrisson, S. T., Sigurdsson, B., Gudjonsson, S. A., Sigurdsson, G. T., Halldorsson, G. H., Sveinbjornsson, G., Norland, K., Styrkarsdottir, U., Magnusdottir, D. N., Snorradottir, S., Kristinsson, K., Sobech, E., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Brunak, Søren, Ostrowski, Sisse Rye, Banasik, Karina, Burgdorf, Kristoffer Sølvsten, Didriksen, Maria, Hansen, Thomas Folkmann, Hjalgrim, Henrik, Jemec, Gregor, Jennum, Poul, Jo­hans­son, Pär In­ge­mar , Ostrowski, Sisse Rye, Ullum, H., Werge, Thomas & DBDS Genetic Consortium, D. G. C., 2022, I: Nature. 607

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    The temporal association of hyperhidrosis and its comorbidities – a nationwide hospital-based cohort study

    Henning, M. A. S., Reguant, R., Jørgensen, Isabella Friis, Andersen, Rune Kjærsgaard, Ibler, Kristina Sophie, Pedersen, Ole Birger Vesterager, Jemec, Gregor & Brunak, Søren, 2022, I: Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology. 36, 12, s. 2504-2511

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Type I Interferons Promote Germinal Centers Through B Cell Intrinsic Signaling and Dendritic Cell Dependent Th1 and Tfh Cell Lineages

    Dahlgren, M. W., Plumb, A. W., Niss, K., Lahl, K., Brunak, Søren & Johansson-Lindbom, B., 2022, I: Frontiers in Immunology. 13, 18 s., 932388.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Using Machine Learning to Identify Patients at High Risk of Inappropriate Drug Dosing in Periods with Renal Dysfunction

    Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Leal Rodríguez, C., Placido, Davide, Thorsen-Meyer, H., Nielsen, A. P., Dérian, N., Brunak, Søren & Andersen, Stig Ejdrup, 2022, I: Clinical Epidemiology. 14, s. 213-223 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 12895347